Pada bagian depan sisi utara gereja, terdapat balkon yang memuat orgel gereja.
Terbuat dari kayu terukir dengan pipa-pipa besi di dalamnya, orgel ini merupakan hibah putri Pendeta John Maurits Moor pada abad ke-17.
Pada salah satu dinding geraja memuat sebuah batu bertulis dalam bahasa Belanda yang artinya "Batu pertama gereja ini diletakkan 19 Oktober 1693 oleh Pieter van Hoorn".
Sepanjang sejarah, gereja itu sempat beberapa kali mengalami restorasi besar, yakni pada 1725, 1920, 1976, dan 2002.
Harian Kompas, 24 Desember 2020 memberitakan, penataan lingkungan juga pernah dilakukan di Gereja Sion, selain perbaikan bangunan.
Dulu, di sekitar gereja ada ribuan makam. Sebagian yang dikuburkan di sana adalah korban aneka wabah yang melanda Batavia. Kini, di sekitar gereja hanya tersisa 11 makam.
Simak breaking news dan berita pilihan kami langsung di ponselmu. Pilih saluran andalanmu akses berita Kompas.com WhatsApp Channel : https://www.whatsapp.com/channel/0029VaFPbedBPzjZrk13HO3D. Pastikan kamu sudah install aplikasi WhatsApp ya.