Satu tahun kemudian, yakni pada 1803, ia berupaya untuk memperkuat pertahanan koloninya, tetapi sumber daya yang dimiliki kurang.
Padahal, Janssens harus menghadapi serangan dari pasukan Inggris pimpinan Letjen Sir David Baird, yang berusaha merebut Tanjung Harapan.
Baca juga: Upaya Daendels dalam Mempertahankan Pulau Jawa
Setelah melakukan perlawanan di Blauuwberg, dekat Cape Town, pada 8 Januari 1806, pasukan Inggris berhasil meraih kemenangan.
Kekalahan itu membuat Janssens harus menyerahkan Tanjung Harapan ke Inggris. Ia pun terusir dan akhirnya kembali ke Belanda pada 8 Juni 1806.
Ketika Janssens kembali ke Belanda, Napoleon telah mengangkat Louis Bonaparte sebagai raja Kerajaan Belanda yang baru terbentuk.
Oleh Louis, Janssens diangkat menjadi Sekretaris Jenderal di Departemen Perang.
Pada 11 November 1810, ia diangkat menjadi Gubernur Jenderal Hindia Belanda ke-37, menggantikan Herman Willem Daendels (1808-1811).
Namun, Janssens baru secara resmi menjalankan tugasnya setelah tiba di Batavia (Jakarta) pada 15 Mei 1811.
Baca juga: Mengapa JP Coen Dianggap Peletak Dasar Penjajahan VOC di Indonesia?
Setibanya di Batavia, Janssens mencoba memperbaiki keadaan yang telah ditinggalkan Daendels dan berusaha mempertahankan Jawa dari serangan Inggris.
Namun, ia tidak bisa berbuat banyak karena beberapa daerah di Hindia Belanda sudah jatuh ke tangan Inggris.
Baru empat bulan menjabat sebagai Gubernur Jenderal Hindia Belanda, kedudukannya pun berada di ujung tanduk.
Pasalnya, pada 4 Agustus 1811, sebanyak 60 kapal Inggris di bawah komando Raffles telah tiba di perairan Batavia.
Pada 26 Agustus 1811, saat Batavia jatuh ke tangan Inggris, Janssens berusaha menyingkir ke Semarang, kemudian ke Salatiga.
Pada akhirnya, pengalaman pahit Janssens saat terusir dari Tanjung Harapan pun terulang. Untuk kedua kalinya, ia harus menyerah kepada Inggris.
Penyerahan Janssens secara resmi ke pihak Inggris ditandai dengan adanya Kapitulasi Tuntang, yang ditandatangani pada 18 September 1811.
Baca juga: Gubernur Jenderal Hindia Belanda dari 1800 hingga 1816