Satu tahun berselang, dia rangkap jabatan menjadi Pembantu Asisten Administrasi untuk Menteri Sekretaris Negara Safaruddin Husada.
Pada 1988, Kuntoro berhenti bertugas di kementerian karena diangkat menjadi Direktur Utama PT Tambang Batubara Bukit Asam di Tanjung Enim, Palembang.
Jabatan tersebut hanya diemban setahun karena dia pindah menjadi Direktur Utama PT Tambang Timah sejak Desember 1989 sampai 1994.
Namun, dia kembali ke kementerian ketika dipercaya menjabat sebagai Dirjen Pertambangan Umum Departemen Pertambangan dan Energi pada 1993.
Di tahun 1998, Presiden Soeharto mengangkatnya menjadi Menteri Pertambangan dan Energi. Dia bertugas di Kabinet Pembangunan VII dan Kabinet Reformasi Pembangunan hingga 1999.
Setelah selesai bertugas di kementerian, Kuntoro menjadi Direktur Utama Perusahaan Listrik Negara (PLN) pada 2000.
Kuntoro kemudian mengabdikan diri sebagai Ketua ITB School of Business pada 2001.
Tiga tahun kemudian, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono mengangkatnya menjadi Kepala Badan Pelaksana di Badan Rehabilitasi dan Rekonstruksi untuk Provinsi Aceh dan Kepulauan Nias, Provinsi Sumatera Utara.
Presiden SBY kembali menugaskan Kuntoro sebagai Kepala Unit Kerja Presiden bidang Pengawasan dan Pengendalian Pembangunan di Kabinet Indonesia Bersatu II.
Kuntoro terakhir bekerja sebagai anggota Majelis Wali Amanat (MWA) di ITB.
Baca juga: Mengenang Yayu Unru, Aktor Legendaris Indonesia yang Meninggal akibat Serangan Jantung
Dikutip dari situs MWA ITB, Kuntoro berhasil menuliskan sejumlah karya dan mendapat banyak penghargaan selama hidupnya.
Dia membuat riset di International Institute for Applied Systems Analysis (IIASA) yang isinya mengenai cara menghubungkan koordinasi antara akademisi, pebisnis, dan pemerintahan.
Dia juga sukses melakukan rehabilitasi dan rekonstruksi Aceh dan Nias akibat tsunami yang terjadi pada Desember 2024.
Dilansir dari situs Asia Society, Kuntoro masuk nominasi Asia Game Changer Awards karena perannya mengembalikan Aceh dan Nias pasca-tsunami yang merengut 230.000 nyawa di seluruh Asia.
Kuntoro memimpin rekonstruksi di Banda Aceh yang menelan anggaran mencapai 8 miliar dollar AS.