Setelah itu, Munir menjadi Wakil Ketua Bidang Operasional Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI).
Munir menjadi salah satu tokoh pejuang HAM yang turut mendirikan Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan (KontraS).
KontraS resmi berdiri pada 20 Maret 1998 untuk menangani kasus orang hilang dan korban tindak kekerasan yang marak terjadi pada masa pemerintahan Orde Baru.
Baca juga: Muchdi Purwoprandjono, Tokoh BIN yang Sempat Terseret Kasus Munir
Pada awalnya, KontraS lebih banyak fokus pada kasus penculikan dan penghilangan orang secara paksa selama Orde Baru.
Namun, dalam perkembangannya, KontraS juga menangani berbagai bentuk kekerasan yang terjadi di banyak daerah, seperti Aceh, Papua, dan Timor-Timur, serta konflik horizontal di Maluku, Sambas, Sampit, dan Poso.
Di KontraS, Munir menjabat sebagai Koordinator Badan Pekerja. Ia juga turut menangani kasus penghilangan paksa dan penculikan aktivis HAM pada 1997-1998 serta korban penembakan Tragedi Semanggi 1998.
Munir pun aktif mengawal dan mengadvokasi kasus-kasus pelanggaran HAM di Aceh yang terjadi pada masa Operasi Jaring Merah (1990-1998) dan Operasi Terpadu (2003-2004).
Pada Juni 2002, Munir bersama 17 tokoh pejuang HAM Indonesia, kemudian mendirikan Imparsial.
Imparsial adalah sebuah lembaga swadaya masyarakat untuk penghormatan dan penegakan HAM di Indonesia.
Bersama lembaga ini, Munir memperjuangkan penegakan HAM terkait berbagai isu di Indonesia, termasuk kekerasan di Papua dan Aceh.
Semasa hidupnya, Munir dikenal sebagai aktivis yang vokal dalam perjuangan penegakan HAM di Indonesia.
Beberapa kasus penegakan HAM yang pernah diperjuangkan Munir, antara lain adalah:
Munir menjadi penasihat hukum keluarga korban tragedi Tanjung Priok, sebuah peristiwa pelanggaran HAM berat di Indonesia.
Tragedi ini terjadi pada 14 September 1984, ketika para demonstran melancarkan aksi untuk menolak penerapan Pancasila sebagai asas tunggal yang diusulkan Presiden Soeharto.
Dalam tragedi Tanjung Priok terdapat 24 orang tewas dan 55 korban luka-luka akibat tindakan aparat yang membubarkan paksa demonstran.