Para pasukan ini terjun di beberapa wilayah, seperti Pulau Buru, Kai, Aru, dan Seram di Maluku Selatan.
Salah satu titik pertahanan paling baik milik RMS adalah Pulau Ambon, sehingga APRIS juga menurunkan pasukannya di sana yang kemudian dibagi ke dalam tiga kelompok.
Ketiga kelompok ini kemudian disebar menuju wilayah Maluku Selatan, terutama yang sudah dikuasai oleh RMS.
Setelah tersebar merata, pasukan APRIS secara perlahan mampu menguasai wilayah-wilayah yang diduduki RMS.
Dikuasainya wilayah RMS ini kemudian disambung dengan penangkapan Presiden Pertama RMS JH Manuhutu dan Perdana Menteri RMS Wairissal beserta sembilan menteri lainnya.
Masing-masing dari mereka pun dijatuhi hukuman penjara selama tiga hingga lima setengah tahun.
Supaya peristiwa pemberontakan RMS tidak terulang, pemerintah RI menindak tegas dengan menghukum mati sisa-sisa gerombolan RMS.
Referensi: