Dalam kurun waktu yang sama, wilayah Kalimantan Timur diislamkan oleh Datuk Ri Bandang dan Tuan Tunggang Parangan.
Datuk Ri Bandang sendiri adalah murid dari Sunan Giri, salah satu Wali Songo yang berperan besar terhadap Islamisasi Jawa.
Pada abad ke-16, Islam juga masuk di wilayah Kalimantan Selatan. Pembawa agama Islam ke Kalimantan Selatan ini adalah para pedagang bangsa Arab dan para mubaligh dari Jawa.
Baca juga: Datuk ri Bandang, Tokoh Penyebar Islam di Indonesia Timur
Salah satu buktinya, berdiri Kerajaan Banjar di Kalimantan Selatan, yang pada periode Majapahit masih bercorak Hindu.
Proses islamisasi di Banjar semakin mudah setelah Kerajaan Banjar melakukan hubungan dengan Kerajaan Demak di Jawa Tengah.
Kemudian, dari abad ke-17 hingga abad ke-19, sejumlah ulama Arab berdatangan ke Kalimantan.
Beberapa nama yang datang ke Kalimantan adalah Syarif Husein Al-Qadrie dari Hadramaut, yaman, yang datang ke Matan dan Mempawah.
Ada juga Sayyid Syarif Idrus bin Abdurrahman al-Idrus dari Hadramaut, yang kemudian menjadi raja Kerajaan Kubu dari 1775 hingga 1795.
Baca juga: Kerajaan Kubu: Sejarah, Perkembangan, dan Raja-raja
Proses Islamisasi memerlukan beberapa strategi dan metode, supaya ajarannya bisa diterima dengan baik oleh masyarakat Kalimantan.
Salah satunya adalah dengan berdakwah, seperti dilakukan oleh ulama Syarif Karim al-Makhdum, Khatib Dayyan, Syekh Husein (Tok Mangku), Tuan Tunggang Parangan, dan Datuk ri Bandang.
Mereka merupakan ulama besar yang berperan penting dalam proses Islamisasi di Kalimantan.
Selain melalui dakwah, proses islamisasi juga dapat ditempuh dengan jalur politik. Biasanya, sasarannya adalah raja yang menguasai suatu wilayah.
Pengislaman raja dianggap sangat efektif karena akan diikuti oleh rakyatnya dan sekaligus mengubah pemerintahan menjadi bercorak Islam.
Beberapa raja di Kalimantan yang berhasil diislamkan adalah Pangeran Samudera (Sultan Suriansyah), Raja Aji Mahkota (Raja Kutai Kertanegara), dan Panembahan Sorgi (Raja Sukadana) yang semuanya terjadi pada abad ke-16.
Baca juga: Kerajaan Kutai Kartanegara: Sejarah, Raja-raja, dan Peninggalan
Proses Islamisasi juga dapat dilakukan dengan perkawinan. Misalnya dengan menikahi putri-putri dari kerajaan yang belum memeluk Islam.