Hal ini diamini oleh Raja Philip II, yang melarang nama-nama bernuansa Arab dan memerintahkan anak-anak orang Morisco supaya diserahkan agar dididik oleh pendeta.
Selain itu, Raja Phillip II juga memerintahkan untuk menyebarkan orang-orang Morisco ke beberapa daerah, seperti Granada untuk memecah komunitas mereka.
Perintah atau dektrit Raja Phillip II ini menimbulkan pemberontakan besar yang terjadi antara 1568–1573.
Krisis yang terjadi di Spanyol pada awal abad ke-17, semakin memperburuk hubungan antara umat Kristen lama dengan orang-orang Morisco, yang akhirnya berujung pada Pengusiran Morisco.
Baca juga: Abad Pertengahan Islam, Kemunduran Peradaban Islam
Pada 9 April 1609, Raja Philip III meresmikan dekrit untuk mengusir orang-orang Morisco dari Spanyol.
Karena pengusiran secara sekaligus akan menimbulkan masalah, maka, pengasingan dimulai dari wilayah Valencia, yang memiliki populasi orang Morisco terbesar.
Pada awalnya, persiapan dilakukan dengan sangat rahasia. Memasuki September 1609, pasukan bantuan dari Italia mendarat di Spanyol untuk menduduki pelabuhan-pelabuhan.
Dekrit raja kemudian diterbitkan pada 22 September, tetapi sempat mendapatkan protes dari kalangan bangsawan Valencia, yang kehilangan para pekerjanya.
Mereka kemudian dijanjikan kompensasi berupa tanah dan rumah orang-orang Morisco.
Pasalnya, orang-orang Morisco hanya diperbolehkan pergi dengan harta yang dapat dibawa, sementara tanah atau rumahnya harus diserahkan.
Baca juga: Holocaust, Pembantaian Jutaan Yahudi oleh Hitler
Pengusiran orang Morisco berjalan mulai 30 September 1609. Mereka dipaksa meninggalkan Spanyol dengan menaiki kapal yang biayanya dibayar sendiri.
Setelah itu, pengusiran berlanjut ke berbagai wilayah di Spanyol hingga 1614.
Para ahli sejarah memperkirakan jumlah orang Morisco yang terusir dari wilayah Spanyol sekitar 300.000 hingga satu juta jiwa.
Orang Morisco yang diusir dari Spanyol sebagian besar masuk dan menetap di wilayah Afrika Utara, yang saat itu dikuasai oleh Turki Ottoman dan Dinasti Sa'adiyah di Maroko.
Sementara sebagian kecil orang Morisco bermigrasi ke Perancis dan Italia.