Kementerian Luar Negeri Perancis mengatakan seruan "tak berdasar" untuk boikot itu "didorong oleh kelompok minoritas radikal".
Produk "Negeri Anggur" tersebut telah ditarik dari beberapa toko di Kuwait, Yordania, dan Qatar.
Baca juga: Perancis Desak Timur Tengah Hentikan Boikot Produknya di Tengah Kisruh Kartun Nabi Muhammad
Reaksi negatif tersebut berasal dari komentar Macron setelah pembunuhan seorang guru yang mempertunjukkan kartun Nabi Muhammad di kelas.
Sang presiden berkata guru itu, Samuel Paty, "dibunuh karena para Islamis menginginkan masa depan kami", tetapi Perancis "tidak akan menyerahkan kartun kami".
Penggambaran Nabi Muhammad dapat sangat menyinggung bagi umat Islam karena tradisi Islam secara eksplisit melarang gambar Muhammad dan Allah.
Baca juga: Dianggap Menghina Islam, Presiden Perancis Dikecam Umat Kristen di Arab
Namun sekularisme negara - atau laïcité - adalah pusat identitas nasional. Membatasi kebebasan berekspresi untuk melindungi perasaan satu komunitas tertentu, menurut negara, merusak persatuan.
Pada hari Minggu, Macron menegaskan kembali pembelaannya terhadap nilai-nilai Perancis dalam sebuah twit yang berbunyi: "Kami tidak akan menyerah, selamanya."
Para pemimpin politik di Turki dan Pakistan telah marah kepada Macron, menuduhnya tidak menghormati "kebebasan berkeyakinan" dan memarjinalkan jutaan Muslim di Perancis.
Pada hari Minggu, Presiden Turki Recep Tayyip Erdogan mengatakan, untuk kedua kalinya, bahwa Emmanuel Macron harus melakukan "pemeriksaan kesehatan mental" terkait pandangannya tentang Islam.
Baca juga: Nge-Like Foto Kepala Guru yang Dipenggal di Perancis, Pria Ini Diadili
Produk-produk "Negeri Anggur" diturunkan dari beberapa rak supermarket di Yordania, Qatar, dan Kuwait pada hari Minggu. Produk kecantikan dan perawatan rambut buatan Perancis, misalnya, tidak lagi dipajang.
Di Kuwait, serikat pengecer besar telah memerintahkan pemboikotan barang-barang negara tetangga Inggris itu.
Serikat Masyarakat Koperasi Konsumen, yang merupakan serikat non-pemerintah, mengatakan telah mengeluarkan arahan sebagai tanggapan atas "penghinaan berulang" terhadap Nabi Muhammad.
Dalam sebuah pernyataan, Kementerian Luar Negeri Perancis mengakui langkah tersebut.
Ia menulis: "Seruan untuk boikot ini tidak berdasar dan harus segera dihentikan, beserta semua serangan terhadap negara kami, yang didorong oleh kelompok minoritas radikal."
Baca juga: Tak Terima Dihina Turki, Perancis Panggil Duta Besarnya
Di dunia maya, seruan untuk boikot serupa di negara-negara Arab lainnya, seperti Arab Saudi, telah beredar.