Noordin kembali berpindah-pindah persembunyian, di antaranya Solo, Pacet, Indramayu, Pekalongan, dan Semarang. Selama masa pelarian itu Noordin dan Azhari menyiapkan proyek peledakan bom selanjutnya.
Teror terus terjadi, hingga pada 1 Oktober 2005 terjaid serangan Bom Bali II. Saat peledakan itu, Noordin diduga tetap berada di Semarang.
Noordin sempat bersembunyi di Solo, Rengasdengklok, Krawang, Surabaya, dan Wonosobo. Pada 29 April 2006 polisi menyerbu di Desa Binangun (Wonosobo) di tempat persembunyiannya. Namun, Noordin berhasil lolos. Sementara, rekannya Azhari sudah tewas dalam penyergapan pada 9 November 2005.
Jejak Noordin kembali terdeteksi di Cilacap, Jawa Tengah. Ia dikabarkan sempat menikahi warga setempat bernama Arina Rahmah, sebelum terjadi peledakan pada 17 Juli 2009 di Kuningan. Noordin diduga singgah di Perumahan Puri Nusapala, Jatiasih, Bekasi, pascapeledakan.
Sampai akhirnya ia berhasil dibekuk di Solo pada 17 September 2009. Namun, penyegapan itu berujung kematian.
Simak breaking news dan berita pilihan kami langsung di ponselmu. Pilih saluran andalanmu akses berita Kompas.com WhatsApp Channel : https://www.whatsapp.com/channel/0029VaFPbedBPzjZrk13HO3D. Pastikan kamu sudah install aplikasi WhatsApp ya.