Akan tetapi, upaya itu gagal, dan pejabat Belanda memerintahkannya untuk meninggalkan Hindia Belanda.
Tan Malaka mewakili Indonesia pada Kongres Keempat Komintern (Komunis Internasional) pada tahun 1922, ketika ia ditunjuk sebagai agen Komintern untuk Asia Tenggara dan Australia.
Dia menentang pemberontakan yang dilancarakan Partai Komunis Indonesia (PKI) pada tahun 1926 dan disalahkan oleh pendukungnya atas kegagalan pemberontakan.
Namun, tahun berikutnya, ia mengorganisasi sebuah kelompok di Bangkok yang disebut Partai Republik Indonesia, tujuannya adalah untuk mengembangkan kader bawah tanah untuk bekerja di Indonesia.
Partai memperoleh kekuatan, tetapi dengan sedikit keberhasilan yang terlihat dalam melemahkan pemerintahan kolonial.
Baca juga: Misteri Teks Proklamasi Autentik dan Testamen yang Diterima Tan Malaka
Tan Malaka kembali ke Jawa pada tahun 1944.
Ia kembali saat pendudukan Jepang dalam Perang Dunia II, dan setelah itu bersaing memperebutkan kekuasaan dengan Presiden Indonesia Soekarno.
Soekarno, bagaimana pun, mengungguli Tan Malaka dengan membawa Sutan Sjahrir ke kekuasaan sebagai perdana menteri.
Tan Malaka menanggapinya dengan menciptakan koalisi, yang disebut Persatuan Perjuangan, untuk menentang setiap usaha diplomasi dengan Belanda, metode yang disukai oleh Sjahrir.
Ketika Sjahrir mengundurkan diri pada Februari 1946, Tan Malaka diminta untuk membentuk Kabinet.
Namun, anggota koalisi gagal mencapai kesepakatan, dan Sjahrir dipanggil kembali.
Tan Malaka kemudian mencoba kudeta atau terperangkap dalam rencana orang lain dan ditangkap pada 6 Juli 1946. Ia ditahan selama dua tahun tanpa pengadilan.
Setelah pembebasannya, ia mendirikan partai politik baru, Partai Murba.
Saat itu, Belanda dan Indonesia berperang untuk menguasai negara. Soekarno dan Mohammad Hatta menjadi tahanan Belanda, dan banyak pemimpin Komunis telah terbunuh.
Setelah pemberontakan PKI/FDR di Madiun ditumpas pada akhir November 1948, Tan Malaka menuju Kediri dan mengumpulkan sisa-sisa pemberontak PKI/FDR yang saat itu ada di Kediri.