Selanjutnya wilayah Jawa dan Madura yang dipimpin oleh Jenderal ke-16 atau Gunseikan, Imamura.
Pusat kekuasaan wilayah Jawa-Madura terletak di Jakarta.
Wilayah ini tidak hanya diawasi oleh Angkatan Darat, tetapi juga dibantu oleh Angkatan Laut (Dai ni Nankenkantai).
Baca juga: Kedatangan Jepang ke Indonesia
Wilayah terakhir ada di Kalimantan, Sulawesi, dan Maluku.
Wilayah ini diawasi langsung oleh pemerintahan militer Angkatan Laut yang dipimpin Laksamana atau Kaigun Okazai, dengan pusat kekuasaan di Makassar.
Dua wilayah sebelumnya dijaga oleh Angkatan Darat, sementara wilayah ketiga diawasi oleh Angkatan Laut, karena mayoritas daerahnya dipisahkan oleh lautan.
Untuk mendukung berdirinya suatu pemerintahan militer, Jepang membuat sebuah pemerintahan sipil di tahun 1942.
Supaya semakin memperkuat sistem pemerintah, dikeluarkanlah Undang-Undang No. 27 tentang Aturan Pemerintah Daerah dan UU No. 28 tentang pemerintahan shu (keresidanan) serta tokubetsushi (kota istimewa).
Referensi: