Misi besar protestan di NTT terbagi menjadi dua.
Misi pertama diusakan oleh NZG yang berfokus di beberapa pulau seperti Timor, Sabu, Rote, dan Alor.
Misi kedua berfokus di Pulau Sumba yang diusahakan oleh beberapa lembaga zending, seperti Nederlands Gereformeerde Zendingsvereeniging (NGZV), Zending Van de Christelijk Gereformeerde Kerke (ZGCK), dan Zending Gereformeerde Kerken in Nederland (ZGKN).
Baca juga: Perkembangan Agama Hindu-Buddha di Nusantara
Misi pengabaran injil juga dilakukan di Sumatra, salah satunya Sumatra Utara, untuk orang-orang Batak.
Pengabaran injil di Batak pertama kali dilakukan oleh Pendeta Richart Burton dan Pendeta Nathaniel M Ward tahun 1824.
Di Batak, penyebaran agama Kristen dilakukan melalui Sekolah Injil.
Para zending Batak berulang kali menegaskan bahwa tujuan utama mereka adalah memberitakan Injil untuk memberi landasan kerohanian baru bagi orang Batak dan mendirikan Gereja Batak yang mandiri.
Baca juga: Suku Batak: Bahasa, Agama, Marga, dan Kebudayaan
Zending mulai masuk ke Indonesia tahun 1814 yang dibawa oleh Joseph Kam.
Tahun 1815, Joseph Kamp diutus oleh pemerintah Belanda untuk pergi ke Ambon dan menjalankan misi penyebaran agama Kristen di sana.
Awalnya, Joseph Kam berniat untuk menjalankan misinya di tengah-tengah masyarakat yang belum Kristen.
Namun, gereja negara Indische Kerk yang bekerja sama dengan NZG memprioritaskan pemeliharaan jemaat-jemaat yang sudah ada lebih dulu.
Oleh sebab itu, Kam menjalankan misinya sama seperti dengan pekerjaan yang ia emban, yaitu pendeta.
Ia berkhotbah, mengunjungi jemaat-jemaat di pedalaman, mendamaikan perselisihan dan pertengkaran, serta melayankan sakramen-sakramen.
Selain itu, Kam juga aktif dalam mengembangkan bacaan-bacaan Kristen, seperti Alkitab, Mazmur, Katekismus, dan khotbah-khotbah bagi jemaat yang belum memiliki pendeta.
Joseph Kam terus melakukan tugasnya dalam melayani jemaat-jemaat di Ambon, Maluku hingga akhir hayatnya.