Maka pada tahun berikutnya, Belanda kembali menggelar ekspedisi kedua ke Nusantara.
"Kini mulailah zaman yang dikenal sebagai zaman pelayaran-pelayaran liar atau tidak teratur (wilde vaart), yaitu ketuka perusahaan-perusahaan ekspedisi Belanda saling bersaing berjuang keras untuk memperoleh bagian dari rempah-rempah Indonesia," tulis Ricklefs.
Pada 1598, sebanyak 22 kapal milik lima perusahaan Belanda yang berbeda berlayar ke Nusantara.
Armada pimpinan Jacob van Neck-lah yang pertama tiba di 'Kepulauan Rempah-rempah' Maluku pada Maret 1599.
Baca juga: Rempah-rempah Khas di Indonesia
Kapalnya kembali ke Belanda pada 1599-1600 dengan mengangkut banyak rempah-rempah. Keuntungan yang diperoleh mencapai 400 persen.
Banyaknya keuntungan itu memikat Belanda. Belanda pun membentuk Vereenigde Oost-Indische Compagnie (VOC) pada 1602 yang menyatukan para pengusaha Belanda.
VOC pun menuju Maluku dalam misi perdagangan. Di sana, VOC mengganggu Portugis yang sebelumnya memonopoli perdagangan.
Portugis bekerja sama dengan Kesultanan Ternate yang ingin Portugis pergi dari Maluku.
Pada 1605, VOC menyerang benteng Portugis di Maluku. Portugis pun terpaksa mundur ke Timor Leste.
Kemenangan Belanda atas Portugis menjadi jalan masuk kolonialisme tiga abad setelahnya.
Tak lama setelah menguasai Maluku, VOC melebarkan sayap ke Pulau Jawa.
Baca juga: Kedatangan Bangsa Spanyol di Indonesia