Teman-teman satu selnya, mengenal Khamenei sebagai ulama yang sangat baik, dan memiliki selera humor bahkan untuk hal terkecil sekalipun. Tapi, ketika itu tidak ada yang pernah menyangka bahwa Khamenei akhirnya akan menjadi pemimpin tertinggi Iran.
Baca juga: Serang Israel di Suriah Tewaskan 5 Militan Pro-Iran
Baru pada 1979, kondisi berubah setelah Raja Shah jatuh. Ayatollah Khomeini pulang dari Paris, dan mendirikan Partai Republik Islam.
Ulama yang ketika itu berusia 40 tahun semenjak itu menjadi anggota dalam lingkaran penguasa baru. Dia sempat menjabat sebagai Wakil Menteri Pertahanan dan sebagai pengawas Pengawal Revolusi Islam pada 1980.
Pada Juni 1981, sebuah kelompok oposisi bersenjata, Organisasi Mujahidin Khalq, mencoba membunuhnya dengan bom yang disembunyikan di dalam tape recorder ketika dia sedang menyampaikan pidato.
Khamenei mengalami luka parah dalam serangan ini dan meskipun dia selamat, dia kehilangan fungsi lengan kanannya.
Tak lama setelah itu, Presiden Mohammad Rajai dibunuh. Khamenei pun terpilih sebagai Presiden Iran dengan suara telak dalam pemilihan presiden Iran pada Oktober 1981. Dia menjadi ulama pertama yang menjabat sebagai Presiden di negara itu. .
Periode 1980-an adalah masa yang penuh gejolak di Iran. Khamenei membantu membimbing bangsanya selama Perang Irak-Iran, dan menjalin hubungan dengan Pengawal Revolusi.
Ia terpilih kembali sebagai presiden pada 1985, ketika masih dalam pemulihan. Saat menjabat sebagai presiden, ia juga menjadi ketua Dewan Pertahanan Tertinggi dan Dewan Revolusi Kebudayaan Tertinggi.
Kemudian pada Juni 1989 Pemimpin Tertinggi Iran saat itu, Ayatollah Khomeini, meninggal. Para ulama bertemu untuk memilih pemimpin baru. Ali Khamenei yang saat itu berusia t49 tahun, muncul sebagai kandidat konsensus yang tidak ofensif.
Adapun sebagai Pemimpin Tertinggi Iran, Khamenei ternyata memiliki kekuasaan yang lebih besar dari Presiden Iran. Presiden Iran sendiri meski dipilih secara demokratis, bahkan harus mendapat persetujuannya untuk mengambil jabatan itu.
Baca juga: AS Izinkan Iran Pakai Dana Beku yang Kena Sanksi untuk Bayar Utangnya
Program nuklir Iran telah menjadi bahan perdebatan internasional selama beberapa dekade. Tapi selama masa jabatan Khamenei, dia lalu menyalakan kembali kontroversi dengan mengeluarkan fatwa yang mengatakan produksi, penimbunan dan penggunaan senjata nuklir dilarang di bawah Islam.
Meskipun seorang Muslim konservatif, Khamenei mendukung penelitian sel induk dan kloning terapeutik, karena ia selalu mendukung kemajuan ilmiah di Iran.
Menurutnya, negara harus melakukan lebih banyak investasi di bidang ilmu pengetahuan dan teknologi dan memberikan status yang lebih tinggi kepada para sarjana.
Karena dia memegang posisi yang membawa lebih banyak kekuatan daripada presiden, hubungannya dengan presiden Iran selalu menjadi berita utama. Dia memiliki hubungan kerja yang damai dengan Presiden Hashemi Rafsanjani pada awal 1990-an.
Tetapi ketika Presiden Mohammad Khatami menjabat pada 1997, kedua orang itu tidak menikmati hubungan yang mulus karena ideologi mereka sering bertentangan. Khatami menyerukan reformasi politik dan sosial dan negara Islam yang lebih demokratis, sementara Khamenei lebih konservatif dalam pandangannya.