Namun hubungan kembali memanas karena PM Tuanku Abdul Rahman menandatangani dokumen pembentukan negara federasi Malaysia dengan Inggris.
Naskah itu ditandatangani di London, Inggris pada 9 Juli 1963. Dalam naskah, disebut Negara Federasi Malaysia akan dibentuk pada 31 Agustus 1963, bertepatan dengan ulang tahun kemerdekaan Malaya yang ke-6.
Langkah Malaysia mengganggu hubungan ketiga negara dan rencana pertemuan puncak Konferensi Tingkat Tinggi di Manila pada pertengahan Juli 1963.
Pada pertemuan puncak di Manila, Filipina, dihasilkan tiga dokumen yakni Deklarasi Manila, Persetujuan Manila, dan Komunike Bersama. Terbentuk konfederasi tiga negara yakni Maphilindo (Malaya, Filipina, dan Indonesia).
Rencana pembentukan negara federasi Malaysia, disepakati akan diselesaikan oleh PBB.
Baca juga: Daftar Sekretaris Jenderal PBB
Indonesia dan Filipina sepakat pembentukan negara federasi Malaysia asalkan sesuai kehendak rakyat yang akan dipersatukan.
Sekretaris Jenderal PBB U Thant pun membentuk tim penyelidik pada Agustus 1963.
Sayangnya Pemerintah Malaysia keburu memproklamasikan berdirinya Negara Federasi Malaysia pada 16 September 1963.
Padahal, hasil penyelidikan belum diumumkan secara resmi oleh PBB.
Empat negara bagian yang tergabung dalam federasi yakni Persekutuan Tanah Melayu, Singapura, Sabah, dan Sarawak.
Indonesia pun murka akan langkah Malaysia yang lagi-lagi melanggar kesepakatan.
Sehari sesudah proklamasi pendirian negara, Indonesia memutuskan hubungan diplomatik dengan Malaysia.
Suasana pun makin memanas. Di Malaysia dan Indonesia, sama-sama terjadi demonstrasi besar-besaran.
Baca juga: Ambisi Nuklir Sukarno di Serpong
DI Kuala Lumpur, pada 17 September 1963, demonstran menyerbu kantor Kedutaan Besar RI.
Mereka merobek-robek foto Soekarno, membawa lambang negara Garuda Pancasila ke hadapan PM Tuanku Abdul Rahman untuk diinjak-injak.