Aksi itu membuat Soekarno gusar. Ia melancarkan kampanye Ganyang Malaysia.
Pada 20 Januari 1964, Menteri Luar Negeri Indonesia Soebandrio mengumumkan bahwa Indonesia mengambil sikap bermusuhan terhadap Malaysia.
Kemudian tanggal 3 Mei 1964 di sebuah rapat raksasa yang digelar di Jakarta, Presiden Soekarno mengumumkan perintah Dwi Komando Rakyat (Dwikora) yang isinya:
Di Kalimantan, perbatasan Sabah dan Sarawak, kemudian di Selat Malaka yang berbatasan dengan Johor, Rejimen Askar Melayu DiRaja berperang dengan gerilyawan Indonesia.
Baca juga: Mengapa Indonesia Keluar dari PBB pada 1965?
Puncaknya, Pada 7 Januari 1965, Malaysia diterima sebagai anggota tidak tetap Dewan Keamanan PBB.
Soekarno menarik Indonesia dari PBB pada tanggal 20 Januari 1965.
Ia mencoba membentuk Konferensi Kekuatan Baru (Conference of New Emerging Forces, Conefo) sebagai alternatif.
Sebagai tandingan Olimpiade, Soekarno bahkan menyelenggarakan GANEFO (Games of the New Emerging Forces) yang diselenggarakan di Senayan, Jakarta pada 10-22 November 1963.
Pesta olahraga ini diikuti oleh 2.250 atlet dari 48 negara di Asia, Afrika, Eropa dan Amerika Selatan, serta diliput sekitar 500 wartawan asing.
Baca juga: Dampak Indonesia Keluar dari PBB