Pada akhir abad ke-13 sampai awal abad ke-14, Dinasti Marinid atau Kesultanan Banu Mari menjadi penguasa di Maroko.
Dinasti ini membangun sejumlah madrasah di daerah sekitar Al-Qarawiyyin. Madrasah pertama yang dibangun adalah Madrasah Saffarin pada 1271.
Setelah itu, kemudian diikuti pembangunan Al-Attarine pada 1323 dan Madrasah Mesbahiya pada 1346.
Baca juga: Masjid Tonson, Masjid Tertua di Thailand
Selain itu, Dinasti Marinid merestorasi menara Al-Qarawiyyin dan menambahkan beberapa bangunan, serta banyak fasilitas di masjid ini.
Pada 1349, Sultan Abu Inan mendirikan perpustakaan pertama, yang terletak di sudut timur laut masjid.
Beberapa tahun setelahnya, Sultan Abu Salim menambahkan sebuah ruangan yang didedikasikan untuk pembacaan Al Quran.
Sedangkan Dinasti Saadi, yang berkuasa di Maroko antara 1509-1659, menambahkan paviliun-paviliun di Al-Qarawiyyin.
Penambahan beberapa bangunan dan fasilitas lainnya juga dilakukan oleh dinasti yang berkuasa di Maroko selanjutnya.
Kegiatan di Al-Qarawiyyin sempat terhenti seiring dengan kemunduran Kota Fez.
Pada masa ini, banyak pengajaran yang dihentikan hingga menyisakan pembelajaran pada ilmu-ilmu Islam tradisional dan studi linguistik Arab saja.
Baca juga: Masjid Peninggalan Dinasti Umayyah
Mata pelajaran lain seperti astronomi dan kedokteran juga menghilang seiring waktu. Antara 1830-1906, jumlah fakultas di Al-Qarawiyyin berkurang dari 425 menjadi 266.
Pada abad ke-19, perpustakaan masjid juga diabaikan. Sebagian besar koleksinya pun hilang seiring waktu.
Hal ini karena pengawasan yang lemah, sehingga banyak buku yang tidak dikembalikan.
Pada awal abad ke-20, koleksinya telah berkurang menjadi sekitar 1.600 manuskrip dan 400 buku.
Pada 1912, Maroko menjadi protektorat Perancis. Hal ini juga memengaruhi Al-Qarawiyyin, yang kian memburuk sebagai pusat pembelajaran agama.