Mulai 1954, Bontang dipimpin oleh seorang bupati, seiring berlakunya UU No. 27 Tahun 1959 tentang Pembentukan Tingkat Daerah II di Kalimantan Timur.
Selanjutnya pada 1972, pemerintah Kabupaten Kutai mengakui Bontang sebagai sebuah kabupaten.
Perkembangan besar Bontang sebagai kawasan industri terjadi setelah berdirinya dua perusahaan besar, PT Badak Natural Gas Liquefaction pada 1974, dan PT Pupuk Kaltim tiga tahun kemudian.
Kedua perusahaan tersebut tercatat membangun sarana dan prasarana yang sangat penting bagi pertumbuhan ekonomi kota.
Akhirnya, pada 1989, pemerintah pusat meningkatkan status Bontang dari kabupaten menjadi kota administratif dan ditindaklanjuti dengan pemekaran wilayah dari satu kecamatan menjadi dua, yaitu Bontang Utara dan Bontang Selatan.
Pada 12 Oktober 1999, Bontang resmi menjadi kota mandiri yang otonom (kotamadya).
Referensi: