Ada beberapa cara pengendalian hama penggerek batang padi secara terpadu yang dilakukan pada daeran serangan endemik.
Baca juga: 5 Cara Membasmi Hama Agas pada Tanaman Dalam Ruangan
Tanam serentak untuk membatasi sumber makanan bagi penggerek batang padi. Rotasi tanaman padi (padi-padi-bukan padi) untuk memutus sirkus hidup hama.
Pengaturan waktu tanam yaitu berdasarkan penerbangan ngengat atau populasi larva di tunggul padi 15 hari setelah puncak penerbangan pertama dan atau 15 hari sesudah puncak penerbangan ngengat generasi berikutnya.
Pengendalian hama secara mekanik yaitu dengan mengumpulkan kelompok telur dipersemai dan di pertanaman. Adapun pengendalian secara fisik adalah denganpencabutan tanaman serendah mungkin dan penggenangan air setinggi 10 cm agar jerami atau pangkal jerami sepat membusuk sehingga larva atau pupa mati.
Pemanfaatan musuh alami parasitoid Trichograma joponikum dosis 20 pias per hektar (1 pias = 2.000 – 2.500 telur terparasit) sejal awal pertanaman.
Baca juga: Cara Membuat Pestisida dari Puntung Rokok untuk Hama Tanaman
Ini dilakukan berdasarkan siklus hidup penggerek batang maka pengendalian sejak awal. Apabila ada penerbanagn dilakukan pengamtan baik pada persemaian maupun pertanaman.
Pengendalian secara organik bisa dilakukan dengan penyemprotan urin sapi, bisa menghalau kaper meletakkan telur karea bau yang tidak sedap.
Selain itu juga bisa disemprotkan pestisida nabati.