Selain hal-hal tersebut di atas, prosedur otopsi dapat dilakukan untuk kepentingan pendidikan dan penelitian dimana keputusan untuk melakukan otopsi tergantung keputusan keluarga.
Sebelum dilakukan otopsi akan dilakukan pengumpulan informasi dari berbagai sumber dan pemeriksaan administratif seperti adanya surat permintaan kepolisian atau surat permintan keluarga.
Otopsi dilakukan oleh dokter spesialis forensik dan tim dengan cara melakukan pemeriksaan luar dan pemeriksaan dalam jenazah.
Pada pemeriksaan luar yang diperiksa adalah pakaian jenazah, dokumen, tinggi badan, berat badan, rambut dan ciri khusus seperti tato atau bekas luka.
Semua tanda kematian jenazah dan perlukaan yang ada di tubuh jenazah juga diperiksa serta didokumentasikan. Pemeriksaan luar jenazah dilakukan tanpa melakukan pembedahan pada jenazah.
Pemeriksaan dalam atau bedah mayat dilakukan dengan cara membuka tubuh jenazah dengan atau tanpa mengeluarkan bagian-bagian organ dalam dengan tujuan mengetahui sebab kematiannya. Apabila dibutuhkan, dapat diambil sedikit sampel organ untuk dilakukan pemeriksaan secara mikroskopik (sesuai persetujuan dari pihak keluarga).
Jika dibutuhkan, dokter dapat melakukan pemeriksaan penunjang yang sesuai dengan kasus yang ditangani.
Pemeriksaan penunjang yang dibutuhkan masing-masing jenazah dapat berbeda-beda tergantung jenis kasusnya.
Pemeriksaan penunjang yang paling banyak dilakukan adalah pemeriksaan patologi anatomi pada organ dalam, pemeriksaan kadar alkohol atau racun lain dalam tubuh, dan lain-lain.
Jika pemeriksaan selesai dilakukan, organ dalam (selain sampel pemeriksaan) dikembalikan ke dalam tubuh jenazah dan dijahit serta dilakukan pemulasaraan jenazah sesuai dengan agama dan kepercayaannya.