De Graaf dan Pigeaud menyebutkann bahwa pada abad ke-17, selama musim hujan orang dapat berlayar dari Jepara sampai Pati di tepi Sungai Juwana, dengan sampan lewat tanah yang tergenang air.
Dengan kata lain, saat itu Selat Muria sudah surut, dan sungai-sungai di sekitar pantai utara Jawa juga mengalami pendangkalan.
Pada 1657, Tumenggung Pati sempat mengumumkan bahwa ia bermaksud menggali saluran baru dari Demak ke Juwana, hingga Juwana bisa menjadi pusat perdagangan.
Baca juga: Mengapa Kerajaan Demak Tergolong dalam Kerajaan Agraris dan Maritim?
Diperkirakan, Tumenggung Pati ingin memulihkan jalan air lama, yang satu abad sebelumnya masih dapat dipakai.
Saat itu, Selat Muria sudah tidak dapat lagi dilayari dengan perahu-perahu yang besar karena telah menjadi dangkal oleh endapan lumpur.
Proses sedimentasi pada Selat Muria, dengan cepat membuat selat tertutup pasir sehingga menjadi sebuah daratan.
Material sedimentasi pada Selat Muria berasal dari beberapa sungai, seperti Sungai Jragung, Tuntang, Lusi, Juwana, dan Jratunseluna.
Selat Muria, yang perlahan berubah menjadi rawa-rawa dan perairan yang dangkal, membawa dampak besar, terutama bagi aktivitas pelayaran dan perdagangan.
Semenjak Selat Muria mengalami sedimentasi, Pelabuhan Demak tidak lagi menjadi pelabuhan utama dan digunakan kapal-kapal untuk berlabuh.
Pasalnya, Selat Muria tidak dapat dipakai sepanjang tahun, karena saat musim kemarau menjadi dangkal.
Baca juga: Peranan Kerajaan Demak dalam Menyebarkan Islam di Pulau Jawa
Kondisi itu membuat kapal-kapal yang hendak berlabuh di Pelabuhan Demak harus menunggu air pasang, yang membuat kegiatan perdagangan menjadi tersendat.
Akibatnya, para pedagang dari Maluku berpindah berlabuh di Pelabuhan Jepara, karena selain aman dari terjangan gelombang besar, perairannya stabil.
Endapan sungai yang bermuara di Selat Muria membuat selat ini semakin dangkal dan akhirnya hilang.
Hilangnya Selat Muria menjadi dataran rendah membuat Pulau Muria menyatu dengan Pulau Jawa.
Di masa sekarang, Selat Muria sudah menjadi bagian dari Kabupaten Pati, Demak dan Kudus.