Lalu, akhir Desember 1945, ia ikut berjuang dalam melawan serdadu Belanda di Tangsi Penggorengan.
Cornel dipercaya untuk memimpin pasukannya di daerah Tanah Tinggi.
Sewaktu baku tembak sedang berlangsung di Senen, sebuah peluru mendarat di paha Cornel.
Akibatnya, ia harus dilarikan ke Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo.
Beberapa hari kemudian, terdapat kabar bahwa Belanda hendak menggeledah rumah sakit tempat ia dirawat dan menangkap para pemuda Indonesia yang terluka.
Mendengar kabar tersebut, Cornel bergegas mengungsi ke Karawang yang kemudian pindah ke Yogyakarta.
Baca juga: Ahmad Sanusi: Peran dan Kiprahnya
Sewaktu di Yogyakarta, kondisi kesehatan Cornel mulai menurun. Ia mengidap penyakit paru-paru.
Peluru di paha Cornel juga masih bersarang di sana sewaktu ia terkena penyakit TBC. Kendati demikian, Cornel masih tetap menulis dan menciptakan lagu-lagu patriotisme.
Pada 15 September 1946, Cornel meninggal dunia. Jenazahnya kemudian dikebumikan di Pemakaman Kerkop Yogyakarta.
Untuk menghargai jasanya, ia dianugerahi tanda kehormatan berupa Piagam Satya Lencana Kebudayaan tahun 1961 oleh pemerintah Indonesia.
Baca juga: Abdul Malik Karim Amrullah (Buya Hamka): Peran dan Kiprahnya
Beberapa lagu-lagu heroik Indonesia yang Cornel ciptakan adalah: