Setelah jalan menuju kemerdekaan bebas, Guterres mengorganisasi pembangunan kembali Fretilin menjadi partai yang demokratis.
Pada Mei 2000, ia mengambil alih kursi kepresidenan Konferensi Nasional Fretilin, dan pada 15 Juli 2001, dia terpilih sebagai Ketua Partai.
Dua bulan kemudian, dia terpilih sebagai Ketua Majelis Konstituante Timor Timur.
Setelah kemerdekaan akhir negara itu pada 20 Mei 2002, di mana Guterres membaca deklarasi pemulihan Republik Demokratik Timor Timur pada tengah malam, Guterres terpilih sebagai Ketua Parlemen.
Dia memegang jabatan ini sampai duduk pertama di Parlemen baru setelah pemilihan 30 Juni 2007.
Pada 2007 dan 2012, Guterres kembali mencalonkan diri sebagai anggota Parlamento Nacional Timor Leste dalam daftar pertama Fretilin. Meskipun masuk ke parlemen, dia tidak bergabung dengan DPR.
Baca juga: Demi Cinta, Pria Timor Leste Lewati Jalur Tikus untuk Temui Istri, Mengaku Ingin Jadi WNI
Dalam pemilihan presiden pada 9 April 2007, Guterres bersaing untuk Fretilin dalam pemilihan presiden, namun kalah.
Dalam pemilihan presiden 2012 tanggal 17 Maret, Guterres tampaknya juga belum beruntung.
Pada 2017, Guterres memasuki pemilihan presiden untuk ketiga kalinya dan akhirnya berhasil menjadi presiden Timor Leste.
Simak breaking news dan berita pilihan kami langsung di ponselmu. Pilih saluran andalanmu akses berita Kompas.com WhatsApp Channel : https://www.whatsapp.com/channel/0029VaFPbedBPzjZrk13HO3D. Pastikan kamu sudah install aplikasi WhatsApp ya.