Gesekan antara Pemuda Pancasila dan PKI menjadi hal yang tak bisa dihindari.
Bahkan, Pemuda Pancasila bersama Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (ABRI) terlibat dalam pembersihan PKI dan seluruh anasir komunis di Indonesia saat gejolak tahun 1965 yang menjadi cikal bakal kelahiran Orde Baru yang dipimpin Presiden Soeharto.
Pemuda Pancasila berhasil melewati tiga era pemerintahan Indonesia, yakni era Orde Lama, era Orde Baru, dan kini era Orde Reformasi.
Dalam Musyawarah Besar ke-VII Pemuda Pancasila tahun 2001 di Wisma Kinasih Bogor, diputuskan bahwa Pemuda Pancasila berubah menjadi ormas yang bebas dari segala bentuk politik praktis.
Arah kegiatan organisasi tersebut kini lebih dititikberatkan untuk bergerak di sektor kegiatan sosial kemasyarakatan yang secara langsung menyentuh kepentingan masyarakat.
Rantai komando dalam tubuh Pemuda Pancasila terdiri dari tingkat nasional (Majelis Pimpinan Nasional), provinsi (Majelis Pimpinan Wilayah), kota/kabupaten (Majelis Pimpinan Cabang), kecamatan (Pimpinan Anak Cabang), hingga kader di kelurahan sebagai basis massa terbawah.
Dengan semboyan “Sekali Layar Terkembang Surut Kita Berpantang”, Pemuda Pancasila mendeklarasikan diri bahwa organisasi tersebut siap menghadapi perubahan-perubahan yang terjadi baik itu perubahan zaman, politik, hingga sistem pemerintahan.
Baca juga: Satu Anggota Pemuda Pancasila Jadi Tersangka Penganiaya Polisi