Bekas prajurit PETA dan Heiho pun berbondong-bondong masuk ke dalam BKR sesuai anjuran Presiden Soekarno, termasuk Sungkono.
Baca juga: Tokoh Sekutu dalam Pertempuran Surabaya
Pada saat itu, dibentuk BKR Provinsi Jawa Timur dengan tiga eselon pimpinan BKR.
BKR Provinsi Jawa Timur di bawah pimpinan Moestopo, BKR Keresidenan Surabaya di bawah pimpinan RM Jonosewojo, dan BKR Kota Surabaya di bawah pimpinan Sungkono yang berpangkat kolonel.
Kolonel Sungkono dikenal sebagai pribadi yang tenang dan berjiwa besar.
Pada sekitar peristiwa Pertempuran Surabaya, ia terlibat dalam perundingan dengan petinggi pasukan Sekutu yang diwakili Inggris.
Kolonel Sungkono mewakili BKR menjadi anggota Kontak Biro, yakni badan yang dibentuk Indonesia bersama Inggris guna melaksanakan gencatan senjata.
Namun, gencatan senjata yang diupayakan gagal terlaksana karena pemimpin pasukan Sekutu, AWS Mallaby, tewas ditembak oleh salah seorang pejuang Surabaya.
Tewasnya AWS Mallaby memicu puncak pertempuran di Surabaya yang berlangsung pada 10 November 1945.
Baca juga: AWS Mallaby, Tokoh Penting di Balik Peristiwa 10 November
Dalam Pertempuran 10 November, Kolonel Sungkono selaku komandan BKR menjadi pemimpin pasukan di Kota Surabaya.
Kolonel Sungkono memimpin dengan tenang dan percaya diri, meski berhadapan dengan pasukan Sekutu yang memiliki pengalaman militer lebih mumpuni dan unggul dalam persenjataan.
Ketika pasukan Sekutu yang diwakili Inggris mulai mundur dari pertempuran, popularitas Kolonel Sungkono melejit.
Perjuangannya berlanjut ketika Belanda melancarkan Agresi Militer sebanyak dua kali pada 1947 dan 1948.
Pada masa Agresi Militer Belanda, Kolonel Sungkono menjabat sebagai Ketua Gabungan Komando Pertahanan divisi-divisi TRI Jawa Timur, kemudian menjadi Gubernur Militer Jawa Timur.
Ketika diangkat menjadi Gubernur Militer Jawa Timur, Kolonel Sungkono mendapat mandat untuk menumpas pemberontakan PKI di Madiun.
Baca juga: Pemberontakan PKI Madiun 1948
Setelah tugas tersebut berhasil diselesaikannya, Kolonel Sungkono dilantik menjadi Panglima Divisi I Jawa Timur.