Selain menjadi tempat pertahanan, Benteng Nassai juga menjadi kantor administrasi Belanda di Pulau Banda dan digunakan sebagai gudang penyimpanan rempah-rempah.
Baca juga: Benteng Belgica: Sejarah, Letak, Fungsi, dan Kompleks Bangunan
Hoen sempat diminta oleh orang kaya Banda untuk membongkar Benteng Nassau, tetapi menolak.
Sejak itu, perseteruan antara orang Banda dan bangsa Belanda memanas hingga berujung pada peristiwa Pembantaian Banda Neira pada 1621.
JP Coen adalah saksi hidup kematian Verhoeven. Ia menjadikan peristiwa pembunuhan terhadap seniornya itu sebagai cambuk untuk menjadi pejabat VOC.
Pada 1618, JP Coen telah didaulat menjabat Gubernur Jenderal VOC.
Di masa kekuasaannya, JP Coen mewujudkan mimpi-mimpinya, salah satunya membalas dendam kepada rakyat Banda.
Baca juga: Mengapa JP Coen Dianggap Peletak Dasar Penjajahan VOC di Indonesia?
Bagi Coen, pulau subur itu harus ditaklukkan dengan kekuatan militer dan masyarakatnya yang keras kepala harus dibinasakan atau dibuang.
Prinsip itu sesuai dengan saran dari L'Hermite de Jonge kepada Heeren XVII (Dewan Tujuh Belas VOC), bahwa "cara paling efektif untuk mendapatkan monopoli pala adalah dengan menghancurkan populasi yang 'mengganggu' dan mengisi kembali pulau-pulau dengan penjajah yang akan dilayani oleh budak."
JP Coen yakin bahwa kegagalan para pendahulunya di Banda Neira sesungguhnya karena mereka tidak memiliki tiga prinsip, yakni motivasi yang kuat, efisiensi, dan kebengisan.
Pada 27 Februari 1621, armada perang Coen yang pertama mendarat di Benteng Nassau, Banda Neira.
Coen membawa 13 kapal besar, tiga kapal kecil, enam perahu layar, bersama 1.665 pasukan dari Eropa, 250 tentara dari Banda, 100 ronin-samurai, dan 286 tawanan asal Jawa sebagai buruh kapal.
Namun, ada juga yang mencatat bahwa Coen membawa 19 kapal yang diawaki 1.655 tentara Eropa, 286 pasukan Asia, dan kontingen pasukan lokal Banda dengan armada sebanyak 36 kapal.
Baca juga: Kebijakan JP Coen di Indonesia
Pada awal Maret, Coen mengirim Kapal Het Hert untuk mengintai Banda Besar dan pesisir Lonthoir.
Meski mendapat serangan dan beberapa pasukannya tewas, Coen berhasil menghimpun informasi tentang titik-titik pertahanan pribumi di Banda Besar.
Pada 11 Maret, seluruh wilayah Banda Besar nyaris ditaklukkan oleh pasukan Coen.