Peneliti Kembangkan Tes Deteksi Varian Baru Covid-19 dalam Hitungan Jam

KOMPAS.com - Sekelompok peneliti berhasil mengembangkan rapid test atau tes cepat Covid-19 yang dapat mendeteksi dan membedakan jenis varian baru virus corona hanya dalam hitungan jam.

Ahli patologi Jeffrey SoRelle dan tim peneliti lainnya, pada tahun lalu mengembangkan CoVarScan, yakni tes cepat atau rapid test Covid-19 yang mendeteksi tanda-tanda delapan titik api pada virus SARS-CoV-2.

Alat tersebut kemudian diujikan kembali pada 4.000 sampel pasien yang dikumpulkan di UT Southwestern Medical Center.

Dilansir dari Medical Xpress, Senin (4/7/2022) para peneliti melaporkan dalam Clinical Chemistry bahwa pengujian mereka seakurat metode lain yang digunakan untuk mendiagnosis Covid-19.

Bahkan, metode tes cepat Covid-19 ini diklaim berhasil membedakan antara semua varian SARS-CoV-2 yang saat ini berkembang.

"Dengan menggunakan tes ini, kami dapat menentukan dengan sangat cepat apa yang ada di komunitas dan apakah ada varian baru yang muncul," jelas SoRelle.

Asisten Profesor Patologi dan penulis senior ini juga mengatakan dalam studi tersebut bahwa tes Covid-19 itu juga memiliki implikasi bagi masing-masing pasien, saat berurusan dengan varian yang memberikan respons terhadap perawatan secara berbeda.

Hasil pengujian alat tes Covid-19 ini di UT Southwestern's Once Upon a Time Human Genomics Center, kata peneliti, telah membantu melacak atau mendeteksi penyebaran Covid-19 di Texas utara, sehingga para pembuat kebijakan dapat membuat keputusan berdasarkan prevalensi varian.

Alat tes Covid-19 tersebut juga digunakan untuk memilih antibodi monoklonal yang lebih efektif dalam melawan jenis tertentu yang menginfeksi pasien Covid-19 dan membuatnya mengalami kondisi parah.

Kendati demikian, banyak peneliti yang khawatir bahwa tes ini tidak akurat dalam mendeteksi beberapa varian virus corona, atau mungkin melewatkan strain yang berkembang di masa depan.

Oleh karenanya, untuk menentukan varian Covid-19 yang dimiliki pasien, para ilmuwan biasanya harus menggunakan pengurutan seluruh genom, yang memakan waktu dan mahal.

Sebab, mereka juga harus mengandalkan peralatan dan analisis canggih untuk menguraikan seluruh rangkaian RNA yang terkandung dalam virus.

Pada awal 2021, Dr. SoRelle dan rekan-rekannya di UT Southwestern ingin melacak seberapa baik tes Covid-19 saat ini mendeteksi varian baru SARS-CoV-2 yang muncul.

Akan tetapi mereka menyadari bahwa mengurutkan banyak spesimen tidak akan tepat waktu atau hemat biaya, jadi mereka merancang pengujian mereka sendiri.

Sedlanjutnya, mereka bekerja di McDermott Center Next Generation Sequencing Core, bagian dari Eugene McDermott Center for Human Growth and Development yang disutradarai oleh Helen Hobbs , M.D., Profesor Ilmu Penyakit Dalam dan Genetika Molekuler.

Metode tes deteksi varian baru Covid-19

CoVarScan mengasah delapan wilayah SARS-CoV-2 yang umumnya berbeda antara varian virus.

Alat ini mendeteksi mutasi kecil, di mana urutan blok bangunan RNA bervariasi, serta mengukur panjang daerah genetik berulang yang cenderung tumbuh dan menyusut saat virus berevolusi.

Metode ini bergantung pada reaksi berantai polimerase (PCR)—teknik yang umum di sebagian besar laboratorium patologi.

Untuk menguji seberapa baik CoVarScan bekerja, SoRelle dan timnya menjalankan tes pada lebih dari 4.000 sampel usap hidung positif Covid-19 yang dikumpulkan di UT Southwestern dari April 2021 hingga Februari 2022—dari pasien dengan dan tanpa gejala.

Tes divalidasi dengan sekuensing seluruh genom standar emas, dan hasilnya digunakan oleh dokter untuk memilih perawatan pada beberapa pasien Covid-19 yang sakit kritis.

Hasilnya, dibandingkan dengan pengurutan seluruh genom, CoVarScan memiliki sensitivitas 96 persen dan spesifisitas 99 persen.

Alat ini mengidentifikasi dan membedakan varian Delta, Mu, Lambda, dan Omicron, termasuk versi atau subvarian Omicron BA.2 yang dulu dikenal sebagai "stealth Omicron" karena tidak muncul pada beberapa tes yang dirancang untuk mendeteksi hanya strain Omicron .

"Kritik umum dari tes semacam ini adalah bahwa hal itu membutuhkan penyesuaian konstan untuk varian baru, tetapi CoVarScan tidak memerlukan penyesuaian lebih dari satu tahun, (sebab alat tes) itu masih dapat bekerja dengan sangat baik," kata SoRelle.