Teknologi Pengurutan Genom Ilmuwan Australia, Melacak Covid-19 Lebih Cepat

KOMPAS.com- Ilmuwan Australia telah mengembangkan teknologi sekuensing atau pengurutan genom yang dapat lebih cepat melacak kasus Covid-19.

Teknologi sekuensing genom yang dikembangkan ini, seperti dilansir dari Reuters, Jumat (11/12/2020), diklaim sangat cepat dalam melacak penularan Covid-19.

Metode pengurutan genom yang cepat ini diklaim hanya memerlukan waktu empat jam saja untuk melacak sumber kasus penularan virus corona, sehingga diharapkan dapat cepat menahan wabah di masa depan.

Dengan pengurutan genom, dapat membantu ilmuwan memantau perubahan kecil pada virus pada skala nasional maupun internasional untuk memahami bagaimana penyebarannya dan memberi wawasan tentang kasus terkait.

"Ketika kasus virus corona diidentifikasi (sebagai) 'misteri' baru, setiap menit dihitung," kata Ira Deveson, ilmuwan di Garvan Institute of Medical Research, dalam sebuah laporan, yang bekerja sama dengan University of New South Wales (UNSW).

Tes pengurutan genom untuk mencari sumber kasus penularan yang belum diketahui, seringkali hasilnya membutuhkan waktu lebih dari 24 jam.

Panjang genom virus corona baru, SARS-CoV-2, sekitar 30.000 huruf, tetapi cukup kecil jika dibandingkan dengan 3 miliar huruf yang menyusun DNA, atau asam deoksiribonukleat, dari genom manusia.

Saat mereplikasi dirinya, virus dapat mengubah tanda genetik dari inangnya.

"Dengan mengidentifikasi variasi genetik ini, kami dapat menetapkan bagaimana berbagai kasus virus corona saling terkait," kata ilmuwan Rowena Bull.

Lantas, bagaimana metode sekuensing genom atau pengurutan genom itu dilakukan?

Untuk menentukan dari mana asal kasus Covid-19, para ilmuwan akan mencari kasus lain yang mengandung materi genetik serupa dan menyusun pohon keluarga dari kasus terkait.

Metode yang paling umum digunakan yakni disebut dengan pengurutan genom nanopore. Rowena Bull yang juga pakar virologi dari Kirby Institute ini menjelaskan prosesnya yang dimulai dengan sampel positif Covid-19.

"Setelah mengambil sampel, mereka kemudian menambahkan beberapa bahan kimia yang dapat membongkar virus dan melepaskan RNA kecil di dalamnya," kata Dr Rowena seperti dikutip dari ABC.

Setelah memiliki urutan genetik kasus Covid-19, maka peneliti akan membandingkan materi itu dengan kasus yang sudah diketahui, dengan tujuan untuk mencari kemungkinan sumbernya.

Pada 3 November lalu, kasus Covid-19 baru telah berhasil diurutkan genomnya hanya dalam waktu beberapa jam.

Selanjutnya, hasil tersebut dicocokkan dengan dua database internasional yang disebut GISAID dan databaze lokal yang disebut AusTracker.

Basis data tersebut, berisi urutan genetik kasus Covid-19 dari semua negara yang berpartisipasi.

Pengurutan genom dan pelacakan kontak telah semakin meningkat selama pandemi Covid-19 terjadi.

Kunci untuk mempercepat proses pemetaan penularan Covid-19 adalah teknologi pengurutan genom yang disebut nanopore.

Teknologi nanopore adalah yang digunakan untuk sekuensing genom yang dikembangkan Oxford dan sebenarnya telah berusia hampir satu dekade.

Akan tetapi, saat ini teknologi tersebut hanya terbatas pada laboratorium-laboratorium terbaik.

Kendati metode ini dikhawatirkan tidak seakurat metode lain seperti Illumina, namun teknologi tersebut unggul dalam durasi waktu penyelesaian yang jauh lebih cepat.

Kolaborasi para ilmuwan Garvan Institute dan Kirby, serta Depkes NSW telah membuktikan manfaat menggunakan pengurutan nanopore, ketika sampel diperlakukan dengan cara tertentu dan dianalisis dengan benar

Para ilmuwan ini membuktikan studi teknologi pengurutan genom nanopore yang telah dipublikasikan dalam jurnal Nature Communications, dalam melacak Covid-19, meski cepat tetap tidak mengorbankan akurasi hasilnya.