Pertama Kalinya, Ilmuwan Indonesia Memetakan Genom Corona SARS-CoV-2

KOMPAS.com - Untuk pertama kalinya, ilmuwan di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman berhasil memetakan sekuen asam nukleat RNA penyusun genom virus corona, SARS-CoV-2 dari Indonesia.

"Ada 3 whole genom sequences (WGS), mungkin di Indonesia juga yang pertama kalinya," kata Direktur Lembaga Biologi Molekuler Eijkman Profesor Amin Soebandrio kepada Kompas.com, Senin (4/5/2020).

Prof Amin mengatakan ketiga genom tersebut berasal dari sampel virus milik tiga pasien. Sampel tersebut dipilih berdasarkan tingkal viral load yang tinggi yang diperoleh dari hasil tes PCR.

"Viral load pasien yang tinggi, memudahkan kami melakukan sekuensing ini. Sekuensing dilakukan secara langsung dari sampel pasien tanpa perlu dikultur, itu bisa dilakukan jika viral load-nya tinggi," jelas Prof Amin.

Wakil Kepala Bidang Penelitian Fundamental LBM Eijkman Institute, Herawati Sudoyo menambahkan pemetaan sekuen RNA virus corona ini menggunakan alat Next-Generation Sequencing (NGS).

Tim ilmuwan Eijkman melakukan pemetaan genom dari tiga isolat virus yang berasal dari tiga pasien yang terkonfirmasi positif Covid-19 di Indonesia.

"Ini adalah data sekuens lengkap pertama virus corona dari Indonesia dan telah diunggah ke pusat data GISAID," kata Prof Hera dalam pesan singkat Whatsapp kepada Kompas.com.

Data yang telah diunggah di Global Initiattive on Sharing All Influenza Data (GISAID) nantinya, kata Prof Hera akan mendukung proses cepat dalam berbagi lebih dari 16.000 data virus corona di seluruh dunia.

Target lebih banyak sekuensing genom

Prof Amin menambahkan tiga isolat virus yang dipetakan tersebut berasal dari hasil tes PCR yang diteliti.

Sampel tersebut diambil dari tiga pasien yang memiliki viral load yang tinggi.

"Kami ambil sampel ini dari hasil PCR pasien yang viral loadnya tinggi untuk memudahkan prosesnya," jelas Prof Amin.

Analisisnya dilakukan dari nilai Ct (cycle threshold), jika nilainya rendah, maka viral load atau jumlah virus yang dimiliki pasien berarti tinggi.

Nantinya, kata Prof Amin, akan ada lebih banyak lagi sekuensing genom yang akan dilakukan. Dalam waktu dekat ini, sudah akan bertambah lagi empat isolat virus penyebab Covid-19 ini.

"Empat (isolat virus) ini akan segera kami submit ke GISAID. Di sana akan dianalisis untuk melihat karakter virus, apakah memiliki kekerabatan yang sama, baik dari virus dari negara lain," jelas Prof Amin.

Ilmuwan Eijkman, Prof Hera juga mengungkapkan tiga isolat virus SARS-CoV-2 dari Indonesia ini masih bersifat premiminary.

"Pada saat ini, kami terus melakukan sekuensing dengan target sampai 100 isolat virus," jelas dia.

Sekuensing genom virus corona yang menyebabkan Covid-19 di Indonesia masih terus dipelajari. Para ilmuwan di LBM Eijkman terus berupaya memperoleh WGS dari virus tersebut sebanyak mungkin.

"Semakin banyak WGS yang diperoleh, akan semakin banyak memberi manfaat bagi molekuler epidemiologi dalam penanganan virus corona di Indonesia," imbuh Prof Amin.