Ada sejumlah versi sejarah mengenai leluhur Sunan Kalijaga.
Versi pertama, Sunan Kalijaga memiliki garis keturunan Arab dari kakeknya Abdul Muthalib yang juga berhubungan dengan Nabi Muhammad SAW.
Dalam literatur Babad Tuban, dia disebut sebagai keturunan Muhammad ke-24.
Ada versi yang disampaikan sejarawan J Drewes, Van den Berg, dan Tujimah, yang berpendapat bahwa leluhur Sunan Kalijaga berasal dari Hadramaut, Arab Selatan.
Disebutkan bahwa dia keturunan Qadi Zaka yang berarti hakim atau penghulu suci.
Baca juga: Sejarah Muslim Tionghoa di Indonesia Era Kolonial
Versi kedua, dikatakan bahwa Sunan Kalijaga keturunan China. Dia merupakan muslim Tionghoa dengan nama asli Oei Sam Ik. Sementara ayahnya, Bupati Tuban Wilotikto dari keturunan Oei Tik Too.
Versi ini didukung catatan sejarah klenteng Sam Poo Kong di Semarang yang ditemukan oleh Residen Poortman pada 1928.
Versi ketiga menyatakan bahwa Sunan Kalijaga merupakan pribumi.
Dia merupakan keturunan Jawa asli, di mana kakek moyangnya merupakan raja pertama Kerajaan Majapahit, Raden Wijaya.
Ayahnya Tumenggung Wilatikta merupakan keturunan Bupati Tuban sebelumnya Ario Tejo III. Leluhurnya yakni Ario Tejo I dan II yang masih menganut ajaran Siwa.
Peralihan agama terjadi pada masa pemerintahan Ario Tejo III, sebagaimana bukti dan tanda yang ditemukan di makamnya di Tuban.
Baca juga: Metode Dakwah Sunan Kalijaga
Sunan Kalijaga memiliki beberapa nama dan sebutan, mulai dari Raden Said, Syaikh Malaya, Lokajaya, Pangeran Tuban, hingga Abdurrahman.
Kendati demikian, asal usul penamaan Kalijaga sendiri masih menjadi perdebatan.
Pendapat pertama menyatakan bahwa Kalijaga diambil dari nama sebuah desa di Cirebon, tepatnya di Kecamatan Harjamukti.
Hal itu didukung dengan masih adanya petilasan, masjid, dan banyaknya monyet yang dikatikan dengan mitos Sunan Kalijaga dengan warga setempat.
Pendapat kedua, nama Kalijaga diambil dari bahasa Arab yakni Qadhi Joko yang artinya Hakim Joko.
Akibat masyarakat Demak yang belum fasih dengan bahasa Arab, mereka menyebut Qadhi Joko dengan Kalijaga.