Selain itu, keduanya juga dituduh melakukan sabotase yang mengakibatkan meninggalnya dua orang warga sipil.
Harian Kompas, 16 Oktober 1968 mengabarkan, Pemerintah Singapura menolak permintaan Presiden Soeharto untuk meringankan hukuman terhadap dua anggota KKO tersebut.
Sebelumnya, Presiden Soeharto telah menyampaikan surat kepada Perdana Menteri Lee Kuan Yew pada tanggal 10 Oktober 1968 atau sehari setelah Menteri Luar Negeri Singapura, S Rajaratnam mengirimkan surat jawaban terhadap permintaan dari Menlu Adam Malik.
Saat itu, di Indonesia, penolakan Pemerintah Singapura dianggap sebagai tindakan yang tidak bersahabat.
Baca juga: Perjalanan Korps Marinir AL, Berawal dari KKO dan Sempat Masuk AD
Setelah menerima penolakan, Presiden Soeharto kembali mengirimkan utusannya, yaitu Brigjen Tjokropanolo untuk menegaskan kembali isi surat terdahulu dan meminta agar hukuman mati ditunda.
Tak hanya Pemerintah Singapura, pengadilan federal Malaysia (saat itu Singapura masih bergabung dengan Malaysia) juga telah menolak permintaan Pemerintah RI pada tanggal 5 Oktober 1966.
Hal ini kemudian membuat kedua anggota KKO itu dieksekusi mati di tiang gantungan pada 17 Oktober 1968 atau selang tiga hari setelah peristiwa ledakan di Orchard Road.
Sebelum dieksekusi, Usman saat itu memberikan permintaan terakhir yang disampaikan oleh Kuasa Usaha al. RI di Singapura, Letkol Ramly. Dalam suratnya, Usman meminta agar jasadnya dibawa pulang ke Indonesia. Selain itu, ia meminta agar keluarganya diberi tahu
Harian Kompas, 18 Oktober 1968 menyebutkan, setelah dihukum gantung, jenazah kedua anggota KKO tersebut diterbangkan ke Tanah Air pada hari yang sama.
Tak hanya itu, kedatangan kenazah juga disambut oleh masyarakat yang memenuhi bandara Kemayoran. Segera setelah berada di Indonesia, Pemerintah dan menaikkan pangkatnya menjadi Kopral Anumerta dan Sersan Anumerta.
Pimpinan KKO juga mengusulkan agar keduanya dianugerahi Bintang Sakti serta diangkat menjadi pahlawan nasional.
Kemudian setelah meninap semalam di aula Hankam, jenazah Usman dan Harun dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata dengan upacara militer.
Peristiwa tersebut tentunya memengaruhi hubungan kedua negara. Setelah beberapa tahun berselang, PM Lee Kuan Yew menaburkan bunga di makam Usman dan Harun.
Arsip Harian Kompas, 28 Mei 1973 tersebut menyebutkan, PM Lee saat itu tak hanya menaburkan bunga di atas makam keduanya. Taburan bunga itu berlangsung sesaat setelah Lee menaburkan bunga di makam Pahlawan Revolusi.
Meski berlangsung singkat, namun peristiwa ini merupakan titik bersejarah dalam perkembangan hubungan RI dan Singapura pasca-eksekusi mati Usman dan Harun, delapan tahun sebelumnya.