Meskipun sudah pernah dipenjara, Zainal tidak menghentikan aksinya.
Akhir Februari 1942, Zainal Mustafa bersama Ruhiat kembali ditangkap dan dimasukkan ke penjara Ciamis atas tuduhan yang sama.
Baca juga: Organisasi Pergerakan Islam Indonesia
Pasca perpindahan kekuasaan dari Belanda ke Jepang, sikap Zainal tetaplah sama, ia menentang pelaksanaan seikeirei, yaitu memberi hormat kepada kaisar Jepang dengan menundukkan badan.
Pada 25 Februari 1944, Zainal Mustafa mengadakan perlawanan terhadap Jepang.
Ia melakukan sabotase, memutuskan kawat-kawat telepon, dan membebaskan para tahanan politik.
Untuk melancarkan aksinya ini, Zainal meminta para santrinya untuk menyiapkan bambu runcing dan golok serta berlatih silat.
Pemberontakan pun terjadi antara Zainal dan kawanannya melawan Jepang.
Dari peristiwa tersebut, dampak yang terjadi adalah: