Tidak Semua Kasus Dites Whole Genome Sequencing, Seberapa Efektif PCR-SGTF Deteksi Omicron?

KOMPAS.com - Pemeriksaan whole genome sequencing (WGS) sering disebut sebagai elemen penting untuk mendeteksi varian Omicron. Namun, saat ini pemerintah tidak lagi menggunakan WGS untuk mendeteksi Omicron dan hanya menggunakan PCR-SGTF (S-gene Test Failure).

Hal itu diungkapkan Menteri Kesehatan (Menkes) Budi Gunadi Sadikin dalam konferensi pers yang disiarkan di kanal YouTube Sekretariat Presiden, Senin (24/1/2022) kemarin.

Dijelaskannya, Kementerian Kesehatan (Kemenkes) hanya akan menggunakan PCR-SGTF untuk memeriksa kasus probable Omicron. Sedangkan, pemeriksaan WGS saat ini ditujukan untuk melihat pola penyebaran Omicron di Indonesia.

"Dari sisi surveillance (pengawasan), ditekankan karena kasusnya semakin banyak, genome sequence akan lebih kita arahkan untuk menganalisa pola penyebaran kasus Omicron," ujar Menkes Budi.

Saat ini, kata Budi, PCR dengan SGTF sudah mulai didistribusikan ke daerah di Indonesia. Dia berharap, pemerintah daerah akan displin melakukan testing 1 per 1.000 penduduk per pekannya sesuai dengan protokol yang ada.

Lantas apakah PCR-SGTF efektif untuk mendeteksi Omicron?

Ahli Epidemiologi dari Griffith University, Dicky Budiman mengungkapkan, bahwa hingga saat ini PCR menjadi tes yang paling akurat untuk mendiagnosis Covid-19.

Akan tetapi, menurutnya tes Covid-19 dengan PCR memiliki kekurangan lantaran hanya bisa memastikan bahwa spesimen yang diperiksa terinfeksi virus corona atau tidak.

Sementara, apabila ingin mengetahui varian Covid-19 itu sendiri pengujian yang selanjutnya digunakan adalah WGS.

"WGS itu manfaatnya adalah mengetahui varian mana yang menyebabkan seseorang terinfeksi Covid, apakah Beta, Gamma, Alpha, atau (varian) yang lain bukan varian yang terdaftar di variant of concern (VoC) bisa saja ada varian baru misalnya," papar Dicky kepada Kompas.com, Selasa (25/1/2022).

Dia menambahkan, WGS tetap perlu dilakukan sebagai surveillance genom untuk mengetahui varian virus apa saja yang ada di Indonesia, terlebih ditengah melonjaknya kasus varian Omicron.

Pengujian WGS ini juga, dikatakannya bisa menjadi alat investigasi epidemiologi untuk mengetahui klasterisasi dari hasil tracing yang sudah dilakukan.

"Itu yang bisa diberikan informasinya dari whole genome sequencing," imbuhnya.

Sementara, PCR-SGTF adalah tes yang menggunakan reagen atau biomarker berbasis SGTF.

"Kenapa SGTF digunakan untuk biomarker PCR, karena Omicron cenderung tidak bisa mendeteksi keberadaan gen S-nya," jelas Dicky.

"Namun, sekarang menurut saya 90 persen kalau orang PCR atau rapid test-nya positif, kemungkinan dia Omicron besar sekali, karena varian ini sudah dominan. Makanya enggak perlu di whole genome sequencing," lanjutnya.

Sama seperti PCR pada umumnya, PCR-SGTF cenderung mengonfirmasi infeksi saja dan jika dilihat dari segi kesehatan umum, menurut Dicky, pengujian ini masih efektif untuk mendeteksi adanya virus corona.

"WGS lebih pada menggali lebih dalam penyebabnya varian apa, Alpha, Gamma, Delta, atau Omicron," pungkasnya.

Sebagai informasi, whole genome sequencing adalah tes yang dilakukan setelah mendapatkan hasil PCR, artinya apabila sesorang terkonfirmasi Covid-19 maka tes ini akan melacak varian dari virus.