2 Cara Mendeteksi Omicron Menurut Ahli Virologi

KOMPAS.com - Ahli Virologi yang juga Direktur Laboratorium KalGen Innolab, Andi Utama PhD menjelaskan dua cara mendeteksi Omicron, varian dari Covid-19 yang saat ini sedang melanda Indonesia.

Andi mengatakan bahwa virus, termasuk Covid-19, merupakan makhluk hidup karena bisa berkembang biak dan memiliki naluri bertahan hidup.

Virus sangat tergantung pada inangnya dan selalu berevolusi melalui mutasi selama ada tempat untuk berkembang biak.

"Selama virus itu memiliki kesempatan berkembang biak, maka proses mutasi itu tidak akan terus terjadi. Apalagi, material genetik dari virus ini adalah RNA, di mana mutasi RNA jauh lebih cepat daripada DNA," kata Andi dikutip dari Antaranews.com, Minggu (6/2/2022).

Baca juga: Catat, Ini Gejala Omicron pada Anak yang Perlu Diwaspadai

Menurutnya, ada berbagai macam mutasi, yakni yang menguntungkan maupun yang merugikan virus. Jika mutasi itu merugikan, maka virus akan hilang.

Sementara Omicron adalah hasil mutasi yang berhasil bertahan untuk kepentingan dari virus itu sendiri.

Proses deteksi

Untuk melacak virus Omicron, Andi mengatakan prosesnya tidak sederhana. Konsep dasar dari pengembangan mendeteksi virus karena objeknya adalah materi genetik, maka ada dua cara yang bisa dilakukan.

Pertama, mencari bagian virus unik spesifik yang mendekati SARS-CoV-1. Kedua memilih daerah yang tidak mudah berubah (lestari).

Untuk membantu mendeteksi varian Omicron, kecanggihan teknologi sangat berperan, termasuk bioinformatics.

Dia menyebutkan ada perangkat lunak (software) yang mampu menyejajarkan ratusan ribut data genom virus dan mancari bagian genom yang lestari.

"PCR mendeteksi bagian-bagian kecil yang spesifik. Kalau WGC (Whole Genome Sequencing), mengidentifikasi semua genom virus yang konsekuensinya perlu waktu lama dan biaya besar. Tapi untuk menentukan itu varian apa, hasilnya oke. Kalau PCR, hanya mencari bagian lestari dengan bagian tertentu yang dipilih," jelas Andi.

Dua metode deteksi Omicron

Andi yang merupakan lulusan Jepang ini pernah melakukan penelitian di Departemen 2, National Institute of Infectious Disease kemudian menekankan, ada dua metode untuk mendeteksi varian Omicron. Keduanya berdasarkan surat edaran Kementerian Kesehatan RI (Kemenkes) Tahun 2021.

Cara pertama adalah dengan S-Gene Target Failure (STGF). Cara kerjanya adalah mencari Gen S yang tidak bisa dideteksi karena dari awal, konsep itu didesain untuk virus original.

"Dalam hal ini akan ada kemungkinan varian selain Omicron," kata Andi.

SNP (Single Nucleotide Polymorphism) adalah pendekatan lainnya, yang langsung menjadikan titik mutasi sebagai target, karena sangat mendekati varian omicron.

Baca juga: 6 Gejala Omicron pada Orang Dewasa

Metode ini dikembangkan oleh KalGen Innolab, anak perusahaan Kalbe Farma yang mengkhususkan diri dalam pengujian diagnostik dan bekerja sama dengan Toyota Tsusho Corporation dan Health Scientific Institute di Jepang.

“Metode kedua itu (SNP) kami sebut dengan PCR O+. Sudah menyasar atau lebih spesifik karena sudah kami targetkan. Sebagai tambahannya, kami menggunakan tiga gen original, maka memperkecil kemungkinan kekeliruan. Tetapi saya tekankan, kami sepakat bahwa gold standard untuk memastikan semua itu adalah WGS,” jelas Andi.

“Sebelum memutuskan memakai kit mana saja, kami mempelajari dulu, melihat datanya, konsistensi datanya. Kebetulan, kit yang kita pilih itu memiliki data yang sudah dibandingkan dengan WGS. Jadi, memperlihatkan data 100 persen," jelas Andi.