Pada 12 September 1959, kedua kapal selam itupun resmi masuk jajaran kekuatan ALRI dan diberi nama RI Tjakra/S-01 dan RI Nanggala/S-02.
Sejak saat itu, Indonesia mempunyai kapal selam yang menambah kekuatan angkatan laut untuk beroperasi di atas air, bawah air, darat, dan udara seperti konsepsi angkatan laut modern.
Tak cukup mendatangkan dua kapal selam, Indonesia kembali memesan 10 kapal selam dari kelas yang sama dari Rusia.
Namun sebelumnya, para ABK diminta untuk berlatih di Vladivostok, tempat di mana terdapat pangkalan kapal selam terbesar milik Rusia di Pasifik.
Baca juga: Kilas Balik KRI Nanggala-402 hingga Dinyatakan Tenggelam...
Gelombang kedua sebanyak empat kapal selam datang pada Desember 1961 dan diberi nama RI Nagabanda, RI Trisula, RI Nagarangsang, dan RI Tjandrasa.
Lalu, pada 1962, datang lagi enam kapal selam baru yang dilengkapi senjata torpedo jenis SEAT-50, torpedo ini menjadi yang terbaik pada zamannya dan hanya Rusia serta Indonesia yang memilikinya.
Keenam kapal selam itu mengambil nama senjata dari dunia pewayangan, masing-masing yakni RI Widjajadanu, RI Hendradjala, RI Bramasta, RI Pasopati, RI Tjundamani, dan RI Alugoro.
Baca juga: Selain KRI Nanggala-402, Berikut 4 Kapal Selam Kepunyaan Indonesia