Pada Agustus 1703, Bach menjadi organis di Arnstadt, dan bertanggung jawab menyediakan lagu untuk layanan misa, atau kegiatan yang melibatkan musik.
Dengan tugasnya yang terbilang ringan, gaji yang cukup besar, dan organ baru, Bach bisa leluasa membuat lagu.
Meski termasuk pegawai yang cakap, Bach mulai terlibat masalah dengan otoritas setempat karena bertengkar dengan anggota paduan suaranya.
Baca juga: Hari Ini dalam Sejarah: FBI Dibentuk
Setelah insiden itu, Bach menghilang selama beberapa bulan pada 1705. Padahal, secara resmi ia hanya menerima cuti beberapa minggu dari gereja.
Bach pergi ke Lubeck untuk menyaksikan permainan organ terkenal dari Dietrich Buxtehude dan memperpanjang masa tinggalnya tanpa memberi tahu siapa pun di Arnstadt.
Pada 1707, Bach meninggalkan Arnstadt untuk posisi pemain organ di Gereja St. Blaise di Mühlhausen.
Pada tahun yang sama, dia menikahi Maria Barbara Bach yang masih terhitung sebagai saudara sepupunya.
Namun, keputusannya bekerja di St. Blaise tidak berjalan sebaik yang dia rencanakan. Gaya musik Bach berselisih dengan pendeta gereja.
Bach menciptakan aransemen musik yang rumit, sedangkan pendetanya percaya bahwa musik gereja harus sederhana.
Salah satu karya Bach paling terkenal dari masa ini adalah kantata Gottes Zeit ist die allerbeste Zeit, juga dikenal sebagai Actus Tragicus.
Setelah bekerja selama setahun di Muehlhausen, pada 1708 Bach kembali ke Weimar, dan bekerja bagi Adipati Wilhelm Ernst.
Selama di Weimar, Bach mulai menggapi puncak kejayaan dalam karirnya dengan menciptakan sejumlah komposisi termashyur sepanjang masa.
Di antaranya, dia menulis Toccata and Fugue in D Minor, kantata Herz und Mund und Tat. Salah satu bagian dari kantata itu adalah Jesu, Joy of Man's Desiring.
Setelah 9 tahun bekerja di Weimar, Bach mulai jenuh sehingga ia menerima tawaran pekerjaan yang ditawarkan Pangeran Leopold dari Anhalt-Koethen.
Adipati Wilhelm Ernst nampaknya tidak ingin melepas Bach, dan memutuskan untuk memenjarakannya selama satu bulan.