Semasa kuliah, tepatnya pada 1964, ia menerbitkan novel pertamanya yang berjudul Kereta Api yang Berangkat di Pagi Hari.
Kuntowijoyo juga menerbitkan cerita pendek pertamanya di majalah sastra Horison pada 1967.
Selain itu, ia semakin akrab dengan dunia seni dan teater, bahkan mendirikan serta menjabat sebagai sekretaris Lembaga Kebudayaan dan Seniman Islam (Leksi) dan ketua Studi Grup Mantika hingga 1971.
Setelah itu, ia mengenyam pendidikan di luar negeri hingga meraih gelar doktor.
Baca juga: Pramoedya Ananta Toer dan Kenangan Masa Mudanya
Semasa kuliah di Amerika Serikat, Kuntowijoyo menulis puisi dan menerbitkan dua antologi, yaitu Suluk Awang-Uwung (1975) dan Isyarat (1976).
Dua karyanya ini menceritakan pengalamannya selama di Amerika Serikat.
Sekembalinya ke Indonesia pada 1980, Kuntowijoyo ikut membangun dan membina Pondok Pesantren Budi Mulia dan mendirikan Pusat Pengkajian Strategi dan Kebijakan (PPSK) di Yogyakarta.
Ia juga aktif dalam bidang sejarah, sastra, dan organisasi Muhammadiyah, bahkan disebut sebagai salah satu sosok pemikir Islam yang sangat berjasa bagi perkembangan Muhammadiyah.
Sejak 1991, kesehatan Kuntowijoyo mulai menurun hingga kehilangan kontrol motorik dan kesulitan berbicara.
Kendati demikian, pada 1995 Kuntowijoyo masih menerbitkan kumpulan puisi ketiga berjudul Makrifat Daun-Daun Makrifat, yang membahas tentang pengalaman keagamaannya.
Selain itu, Kuntowijoyo juga melahirkan beberapa karya dalam bidang sejarah. Beberapa di antaranya yaitu:
Kuntowijoyo meninggal pada 22 Februari 2005 dalam usia 61 tahun karena komplikasi penyakit sesak napas, diare, dan ginjal.
Baca juga: Biografi Ar-Razi, Ilmuwan Terkemuka Penemu Penyakit Cacar
Sejak 1960-an, beberapa karya Kuntowijoyo yang mendapatkan penghargaan dari majalah sastra dan Dewan Kesenian Jakarta.
Kemudian, selama tiga tahun berturut-turut, yakni 1995 hingga 1997, cerpen-cerpennya terpilih sebagai cerpen terbaik yang diterbitkan oleh surat kabar Kompas.
Selain itu, berikut ini beberapa penghargaan yang pernah diterima Kuntowijoyo.