Proyek pembuatan Kebun Raya Bogor dipimpin oleh Prof. Caspar George Carl Reinwardt yang diangkat menjadi Direktur Pertanian, Seni, dan Pendidikan untuk Pulau Jawa pada 1816.
Reinwardt dibantu oleh James Hooper dan W. Kent. Ia menjadi pengarah pertama pembangunan tersebut pada 1817 hingga 1822.
Pendirian diawali menancapkan ayunan cangkul pertama sebagai pertanda dibangunnya pembangunan Kebun Raya Bogor.
Kebun Raya Bogor dibangun di lahan sekitar 47 hektar yang ada di sekitar Istana Bogor.
Baca juga: STOVIA, Sekolah Kedokteran yang Melahirkan Tokoh Pergerakan Nasional
Dibangunnya Kebun Raya Bogor menjadi kesempatan bagi Reinwardt untuk mengumpulkan tanaman dan benih yang ada di Nusantara.
Dengan segera Bogor menjadi pusat pengembangan pertanian dan holtikultura di Indonesia. Pada masa itu diperkirakan ada sekitar 900 tanaman hidup yang ditanam di Kebun Raya Bogor.
Reinwardt juga menjadi perintis di bidang pembuatan herbarium. Ia dikenal sebagai seorang pendiri Herbarium Bogoriense.
Pada 1822 Dr. Carl Ludwig Blume yang menggantikan Reinwardt menginventarisir tanaman koleksi yang tumbuh.
Kemudian disusun katalog yang pertama sebanyak 912 jenis (spesies) tanaman.
Pembangunan kebun sempat terhenti karena terkendala nama. Namun dirinti kembali oleh Johannes Elias Teysmann pada 1831.
Seoarang ahli kebun istana, Gubernur Jenderal Johannes van den Bosch dibantu Justus Karl Hasskarl melakukan pengaturan penanaman tanaman koleksi dengan mengelompokkan menurut suku (familia).
Baca juga: Permainan Galasin atau Gobak Sodor
Karena ada koleksi Kebun Raya Bogor harus ditanam ulang dan memindahkan beberapa pohon besar.
Bahkan diberi label merah untuk menandai tanggal penanamannya.
Pada masa Teysmann, ada ribuan spisies tumbuhan yang dibawa ke Kebun Raya Bogor. Tumbuhan tersebut berasal dari perjalanan yang dilakukan ke berbagai negara.
Awalnya Kebun Raya Bogor dibangun sebagai percobaan bagi tanaman perkebunan yang diperkenalkan di Hindia Belanda.