Menurut Pasal 4 ayat (1) Perpres Nomor 32 Tahun 2011 tentang Masterplan Percepatan dan Perluasan Pembangunan Ekonomi Indonesia 2011-2025(MP3EI) koordinasi pelaksanaan MP3EI dilakukan oleh Komite Percepatan dan Perluasan Pembangunan Ekonomi Indonesia 2011-2025.
6. Komite Kebijakan Percepatan Penyediaan Infrastruktur
KPPIP dibentuk melalui Pasal 8 ayat (1) Peraturan Presiden Nomor 12 Tahun 2011 tentang Perubahan Atas Peraturan Presiden Nomor 42 Tahun 2005 tentang Komite Kebijakan Percepatan Penyediaan Infrastruktur Perpres No 75/2014 tentang Percepatan Penyediaan Infrastruktur Prioritas.
Baca juga: Lebih Dekat dengan Tiga Lembaga yang Disebut Moeldoko Akan Dibubarkan Jokowi
7. Tim Koordinasi Misi Pemeliharaan Perdamaian
TKMPP dibentuk berdasarkan Pasal 1 Peraturan Presiden Nomor 85 Tahun 2011 tentang Tim Koordinasi Misi Pemeliharaan Perdamaian.
Lembaga ini berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden.
8. Badan Pengembangan Wilayah Surabaya-Madura
Badan Pengembangan Suramadu dibentuk melalui Pasal 1 ayat (1) Perpres No. 23 Tahun 2009 tentang Perubahan Atas Perpres No 27 Tahun 2008 tentang BP- Suramadu.
Lembaga itu dibentuk untuk melaksanakan pengembangan wilayah Surabaya-Madura (Suramadu).
9. Komisi Nasional Anti Kekerasan terhadap Perempuan
Komisi Nasional Anti Kekerasan Terhadap Perempuan dibentuk melalui Pasal 1 Perpres No. 65 tahun 2005 tentang Komisi Nasional Anti Kekerasan Terhadap Perempuan.
Lembaga itu dibentuk dalam rangka pencegahan dan penanggulangan masalah kekerasan terhadap perempuan serta penghapusan segala bentuk tindak kekerasan yang dilakukan terhadap perempuan.
10. Kantor Staf Presiden
Lembaga itu diatur dalam Perpres Nomor 26 Tahun 2015 tentang Kantor Staf Presiden. Dalam Pasal 1 ayat (1) disebut soal pembentukan Kantor Staf Presiden.
Sementara itu Pasal 1 ayat (2) disebutkan bahwa Kantor Staf Presiden adalah lembaga nonstruktural yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden.
11. Komite Ekonomi dan Industri Nasional
Lembaga itu dibentuk melalui Pasal 1 Peraturan Presiden Nomor 8 Tahun 2016.
Baca juga: Daftar Lembaga yang Dibubarkan dan Didirikan Jokowi Selama Menjabat
12. Badan Restorasi Gambut
Lembaga tersebut dibuat berdasarkan Pasal 1 ayat (1) Perpres No 1/2016 2012 tentang Badan Restorasi Gambut.
Badan Restorasi Gambut adalah lembaga nonstruktural yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden.
13. Badan Otorita Danau Toba
Lembaga Otorita Danau Toba dibentuk melalui Pasal 1 ayat (1) Perpres No 49/2016 tentang Badan Otorita Pengelola Kawasan Pariwisata Danau Toba.