Saat itu, polisi menyita barang bukti berupa paspor Indonesia dan paspor Papua Nugini milik Benny.
Baca juga: Tokoh Separatis Papua Benny Wenda Dikabarkan ke Sidang Umum PBB, Ini Fakta Sebenarnya
Pada 29 Oktober 2002, Benny dan satu tahanan lain, Lasaeus Welle melarikan diri dari rumah tahanan dengan mencongkel jendela kamar mandi.
Benny merupakan saudara kandung dari pimpnan Organisasi Papua Merdeka (OPM) Pegunungan Tengah, Matias Wenda.
Penyerangan Polsek Abepura pada 6 Desember 2001 silam diduga atas kerja sama Benny bersama Matias di wiayah perbatasan Jayapura-Papua Niugini (PNG).
Sekitar 500 warga Jayawijaya dikerahkan ke perbatasan Jayapura-PNG dengan dalih alasan keamanan di Jayapura tak terjamin.
Kelompok ini juga melakukan pembantaian enam warga pendatang pekerja kayu di perbatasan RI-PNG pada Desember 2001.
Kerusuhan Papua dan Papua Barat yang memanas pada Agustus 2019 lalu juga disebutkan ada peran Benny Wenda.
Diberitakan Kompas.com, 2 September 2019 lalu, Benny Wenda mengaku mengeluarkan surat edaran yang menginstruksikan agar rakyat Papua tak ikut upacara kemerdekaan.
Tapi, menurut Benny, aksi demonstrasi disertai kerusuhan di Papua dan Papua Barat dianggap sebagai spontanitas masyarakat di sana.
Kiprah dan jaringan yang cukup luas di ranah Internasional, membuat Benny Wenda pernah bertemu Komisi Tinggi Hak Asasi Manusia PBB pada 25 Januari 2019.
Pemerintah Vanuatu menjadi pihak yang memfasilitasi pertemuan tersebut.
Kehadiran Benny mengejutkan KTHAM lantaran pembahasannya berbeda dengan tujuan kedatangan delegasi Vanuatu, yaitu membahas pelaksanaan Universal Periodic Review (UPR) HAM Vanuatu.
Benny juga tak tercatat sebagai delegasi resmi Vanuatu.
Pemerintah RI pun melayangkan protes keras terhadap Pemerintah Vanuatu.
Baca juga: Jumlah Korban Tewas hingga Dugaan Keterlibatan Benny Wenda di Rusuh Jayapura