Kedua, tidak berjalannya fungsi pengawasan di internal kementerian. Hampir seluruh kementerian memiliki inspektorat jenderal yang bertugas mengawasi dan memeriksa dugaan penyimpangan termasuk korupsi di lingkungan kerjanya.
Namun demikian, fungsi pengawasan ini tidak berjalan apabila menyangkut pejabat tinggi atau menteri di kementerian tersebut.
Belum lagi sikap ewuh pakewuh, semangat melindungi korps dan lemahnya sumber daya menjadi penyebab tidak efektif pengawas internal ini.
Sistem pengawasan melekat tiap jenjang jabatan tidak sepenuhnya berjalan. Jikapun terjadi penyimpangan, umumnya sanksi yang diberikan hanya bersifat administratif berupa teguran atau sanksi ringan lainnya.
Kasus korupsi di kementerian umumnya baru terungkap jika ditangani oleh pihak eksternal dalam hal ini kepolisian, kejaksaan maupun KPK.
Ketiga, terbukanya peluang korupsi di lingkungan kementerian. Pengadaan Barang dan Jasa merupakan sektor yang paling rentan terhadap praktik korupsi di kementerian.
Mekanisme tender seringkali hanya bersifat formalitas karena pemenang tender bisa diatur jauh sebelum proses resmi dimulai.
Kontraktor milik kerabat dan relasi menteri atau pejabat di kementerian seringkali menjadi pemenang proyek yang nilainya bisa mencapai miliaran rupiah.
Memberikan sogokan dan uang "terima kasih" menjadi kebiasaan yang sering ditemui dalam proyek-proyek di lingkungan kementerian.
Harus dipahami bahwa korupsi yang terjadi di kementerian tidak saja menyebabkan kerugian negara, namun juga merusak kredibilitas pemerintah di mata publik.
Untuk menghentikan praktik korupsi di lingkungan kementerian dan mencegah bertambahnya menteri aktif menjadi tersangka korupsi, maka tindakan luar biasa (extra ordinary) harus segera dilakukan.
Setiap kementerian perlu menerapkan sistem pencegahan korupsi untuk menutup celah timbulnya penyimpangan.
Baik Presiden maupun menteri sebaiknya tidak ragu melibatkan KPK dalam program pencegahan korupsi di lingkungan kementerian.
Peran inspektorat sebagai pengawas internal perlu diperkuat dan kementerian sebaiknya menerapkan ISO 37001 tentang Sistem Manajemen Anti Penyuapan atau mengadopsi konsep Sistem Integritas Nasional (SIN) yang pernah disusun KPK.
Sistem ini dirancang dengan sejumlah perangkat-perangkat antikorupsi agar para pejabat di kementerian tidak dapat melakukan korupsi.