Namun, Rossi dihukum penalti tiga poin karena dianggap sengaja menendang Marquez oleh Federasi Balap Motor Dunia (FIM).
Hukuman itu tidak berpengaruh terhadap hasil MotoGP Malaysia.
Baca juga: 3 Kemenangan Terbaik Valentino Rossi di MotoGP
Namun, Rossi harus memulai balapan GP Valencia yang menjadi seri terakhir musim 2015 dari posisi paling belakang.
Movistar Yamaha dan Rossi sempat mengajukan banding ke Pengadilan Aribtrase Olahraga (CAS) agar FIM mencabut hukuman penalti.
Tidak hanya itu, sebelum MotoGP Valencia juga sempat muncul petisi yang meminta FIM membatalkan hukuman untuk Rossi.
Pada akhirnya, CAS menolak banding dari Movistar Yamahan sehingga Rossi tetap harus memulai balapan GP Valencia dari posisi 26.
Seusai balapan GP Malaysia, Rossi sempat menuduh Marquez bertindak tidak sportif.
Rossi menyebut Marquez sengaja memprovokasi di Sirkuit Sepang untuk memberi Lorenzo jalan menuju gelar juara dunia.
Pernyataan itu membuat munculnya konspirasi sesama pebalap Spanyol (Lorenzo, Marquez, dan Pedrosa) bekerja sama menggagalkan Rossi menjadi juara dunia.
Setelah drama GP Malaysia, Rossi memilih untuk fokus di GP Valencia.
Rossi dengan posisi start dari urutan 26 harus finis di belakang Lorenzo agar bisa menjadi juara dunia.
Pada lap pertama, Rossi langsung tancap gas dan berhasil melewati lebih dari 10 pebalap untuk menempati posisi 15.
Rossi terus konsisten menjaga kecepatannya hingga berada di urutan ke-9 pada lap ketiga.
Rossi kemudian berhasil menempati posisi keempat ketika balapan memasuki lap ke-13.
Sejak saat itu, Rossi kesulitan mengejar Pedrosa, Marquez, dan Lorenzo yang berada di tiga terdepan. Jarak antara Rossi dan Lorenzo yang memimpin balapan bahkan sempat sampai 19,8 detik.