Namun, Fabio Quartararo langsung tancap gas dan menyalip Valentino Rossi. Pebalap muda Petronas Yamaha SRT itu mencatatkan waktu lap 1 menit 32,791 detik.
Adapun, Yamaha masih menguasai tiga besar dengan Franco Morbidelli (Petronas Yamaha SRT) menyusul di posisi ketiga. Sementara, rekan setim Rossi, Maverick Vinales berada di urutan kelima.
Memasuki menit ke-10, Maverick Vinales melesat dan merebut posisi pertama setelah mencatatkan waktu 1 menit 31,787 detik.
Pada saat yang bersamaan, Franco Morbidelli juga sukses menyalip Fabio Quartararo dan Valentino Rossi.
Posisi tersebut bertahan hingga akhir sesi kulaifikasi kedua.
Dengan demikian, Maverick Vinales akan mengawali balapan MotoGP San Marino dari pole position.
Berikut hasil sesi kualifikasi MotoGP San Marino, Sabtu (12/9/2020):
1. Maverick Vinales (Monster Energy Yamaha)
2. Franco Morbidelli (Petronas Yamaha SRT)
3. Fabio Quartararo (Petronas Yamaha SRT)
4. Valentino Rossi (Monster Energy Yamaha)
5. Jack Miller (Pramac Ducati)
6. Fransesco Bagnaia (Pramac Racing)
7. Alex Rins (Suzuki Ecstar)
8. Joan Mir (Suzuki Ecstar)
9. Andrea Dovizioso (Ducati)
10. Johann Zarco (Reale Avintia)
11. Pol Espargaro (KTM)
12. Miguel Oliveira (KTM Tech3)
13. Aleix Espargaro (Aprilia)
14. Takaaki Nakagami (LCR Honda)
15. Danilo Petrucci (Ducati)
16. Brad Binder (KTM)
17. Tito Rabat (Reale Avintia)
18. Iker Lecuona (KTM Tech3)
19. Stefan Bradl (Repsol Honda)
20. Bradley Smith (Aprilia)
21. Alex Marquez (Repsol Honda)
22. Cal Crutchlow (LCR Honda)