PT KCJ memindahkan semua aktivitas transit penumpang Commuter Line dialihkan ke Stasiun Manggarai, setelah terjadi benturan antara dua KRL lintas Bogor-Jakarta Kota di sekitar Stasiun Juanda, Rabu (23/9/2015).
Anjloknya rangkaian kereta listrik di Jalur 3 Stasiun Manggarai berimbas pada penumpukan penumpang di stasiun tersebut. Hingga pukul 18.40 WIB, peron stasiun tampak dipenuhi penumpang, Rabu (19/8/2015) malam.
Salah seorang petugas pelayanan kereta rel listrik (KRL) Commuter Line dipukul oleh salah seorang penumpang laki-laki di Stasiun Manggarai, Senin (10/8/2015) sekitar pukul 15.00.