Hasil penelitian Tim Riset Mandiri Terpadu Gunung Padang digugat oleh sejumlah arkeolog dan geolog. Beberapa pihak mengatakan, analisis data pada riset tersebut terlalu "jump to conclusion".
Wali Kota Depok, Nurmahmudi Ismail, mempertanyakan hasil riset perguruan tinggi, khususnya Universitas Indonesia yang dapat dikembangkan menjadi sebuah industri.