Bangunan ini terbagi dalam beberapa ruang yang digunakan sejumlah instansi dengan berbagai kepentingan di PLBN, di antaranya Bea Cukai, Karantina, Imigrasi, Kesehatan, dan Security.
Kesembilan PLBN itu adalah PLBN Motaain, Motamasin, Oepoli dan Wini di Nusa Tenggara Timur (NTT). Kemudian di Kalimantan Barat ada Aruk, Nanga Badau dan Entikong dan di Papua ada di Skouw dan Waris.