Tim Uji Layak Operasi Badan Pengatur Jalan Tol menemukan beberapa masalah pada unsur keselataman pada Tol Pejagan-Pemalang Seksi I dan II ruas Pejagan-Brebes Timur. Ada beberapa cacat ditemukan tim penguji.
Berdasarkan pantauan Kompas.com di sepanjang ruas Pejagan-Brebes Timur, pembangunan jalannya sendiri sudah 100 persen selesai dengan pekerjaan konstruksi masih terlihat di Gerbang Tol (GT) Brebes Timur.
Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat (PUPR) berencana mempercepat operasionalisasi Jalan Tol Pejagan-Pemalang Seksi I dan II yang semula Agustus 2016 menjadi Mei 2016.