Penjagaan dan pengamanan gereja saat Natal oleh organisasi pemuda Islam juga dilakukan di Ambon. Badan Komunikasi Pemuda Remaja Masjid Indonesia (BKPRMI) Wilayah Maluku mengerahkan 100 orang untuk membantu mengamankan gereja saat perayaan Natal nanti.
Sebanyak 200 personel anggota Kepolisian Ngada, Nusa Tenggara Timur siap mengamankan gereja-gejera di Kabupaten Nagekeo dan Kabupaten Ngada dalam perayaan malam Natal, 24 Desember dan perayaan Natal, 25 Desember nanti.