Hasil kajian dan temuan ini kemudian akan diserahkan kepada Komisi Fatwa MUI yang akan menerbitkan fatwa atas aktivitas dan paham yang dimiliki Gafatar.
Menteri Agama Lukman Hakim Saifuddin mengatakan, Gerakan Fajar Nusantara (Gafatar) terindikasi kuat sebagai kelompok yang melakukan perbuatan makar. Menurut Lukman, hal tersebut pantas ditindaklanjuti sesuai hukum.