Kompleks candi Tondowongso berulang kali terpapar bencana, seperti erupsi Gunung Kelud dan banjir dari Kali Konto, anak Sungai Brantas. Lantaran rawan bencana alam, kompleks candi Hindu peninggalan antara abad ke-11 dan ke-12 Masehi itu ditinggalkan.